NCBI BLASTチュートリアル

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  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial
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  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial

... BLAST検索ができるようになっています。大きく分けて上部の赤四角で囲んだ部分で. は、ゲノム配列決定がされた生物種に関する各種配列データへのホモロジー検索が可能です ...


配列データベースとホモロジー検索

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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures

Lipman (1997),. "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= hsa:7100 TLR5 ...


BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to ...

Standard Protein BLAST-Nucleotide BLAST-Align two or more sequences-Blastx


相同性検索プログラムBLASTの内部構造 - DDBJ

  1. https://www.ddbj.nig.ac.jp
  2. activities
  3. blast-doc
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  3. blast-doc

最初に，相同性（homology）の概念について解説します。単に相同性と言っても，様々です。2本の配列を比較したときに，連続した5個のアミノ酸のみが完全 ...


BLASTクイックスタート

  1. https://www.jst.go.jp
  2. nbdc
  3. bird
  4. minicourses
  5. blast
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  2. nbdc
  3. bird
  4. minicourses
  5. blast

その後、blastボタンを押してホモロジー検索を実行します。 しばらく待つと結果が表示されます。極めて多くのヒットが認められます。トップヒットのアライメントを見て ...


BLASTとコンパチブルで高速なホモロジー検索ツール Diamond

  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2017/08/24
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  3. 2017/08/24

2017/8/24 -Diamondはindexのつけ方を工夫することでBLASTXの解析速度を加速できるツール。blastと同等の機能を持つが、論文ではblastより最大20000倍高速化 ...


2. アミノ酸配列解析

  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02
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  3. section_02

2-1-1. Protein-protein BLAST (blastp) による検索. 前出のblastxが (塩基配列) 対 (アミノ酸配列) のホモロジー検索であったのに対し、blastpは (アミノ酸 ...


FASTAとBLASTについて - DDBJ - 国立遺伝学研究所

  1. https://www.ddbj.nig.ac.jp
  2. activities
  3. homology-doc
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NCBIでは、BLASTというFASTAのほぼ50倍速い、ホモロジー検索サービスが提供されます。これは、電子メールによるサーバーで、e-mailで検索配列を送るとe-mailで結果が ...


情報処理演習（バイオインフォマティクス入門）

  1. https://www.cc.kochi-u.ac.jp
  2. ~tatataa
  3. info
  4. BLAST
  1. https://www.cc.kochi-u.ac.jp
  2. ~tatataa
  3. info
  4. BLAST

... BLAST によるホモロジー検索 さて，いよいよ検索です。 検索するためには，自分の配列を BLAST による検索の画面に入力しなければなりません。 京大・化研のGenomeNet ...


遺伝子解析ツール集：ホモロジーサーチ - 研究留学ネット

  1. http://www.kenkyuu.net
  2. genetool-03

BLAST ☆ NCBI · DDBJ · GenomeNet. 他の方法に比べて桁違いに高速であるBLAST法はホモロジー検索の方法としては最近もっともよく利用されている。