NCBI GEOのデータセットブラウザを使って公共データの遺伝子発現解析 ...

  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...
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2019/4/3 -今回はGEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現を詳細に調べる ...


Tutorials on accessing public reference and genomic data

  1. https://hbctraining.github.io
  2. lessons
  3. accessing_public_...
  1. https://hbctraining.github.io
  2. lessons
  3. accessing_public_...

You can choose the filters, such as 'Organism' (human, mouse), 'Study type' (Expression profiling by high throughput sequencing), 'Publication dates' (1 year), ...


もう NCBI GEO の多くの FASTQ を処理しなくてもいいかもしれない ...

  1. https://zenn.dev
  2. articles
  3. ncbi-gen-counts
  1. https://zenn.dev
  2. articles
  3. ncbi-gen-counts

2023/12/18 -GSE は複数の GSM（通常は同一の研究・実験のサンプル）をまとめる単位です。 遺伝子発現量を取得する. サンプルの遺伝子発現量を得るには、通常、2 つの ...


農学生命情報科学実習I（マイクロアレイ）

  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~kadota
  3. practice1
  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~kadota
  3. practice1

2008/7/31 -... GSE**, GDS**, GSM**, GPL**など）に関する説明 ... colors(20)）で表すことにします。 ------ ここから ------ data ... Human Gene Expression Index ...


遺伝子発現データベースの使い方 at AJACS千里 - GitHub

  1. https://github.com
  2. blob
  3. master
  4. bono2
  5. README
  1. https://github.com
  2. blob
  3. master
  4. bono2
  5. README

http://biogps.org/を開きます。 · 表示された検索結果の中から「ID 4654」をクリックします。 · 最初はヒトのマイクロアレイデータが表示されます。 · 画面左側の"Current ...


マイクロアレイデータの解析例 1.1 （データのダウンロード）

  1. http://array.cell-innovator.com
  2. ...
  1. http://array.cell-innovator.com
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2015/1/6 -GEO に公開されたデータを利用して、実際に解析を行ってみましょう。マイクロアレイ解析によって、どのような情報が得られるのかイメージがつかめると ...


NCBI GEOの使い方1〜マイクロアレイデータの検索・取得

  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...
  1. https://togotv.dbcls.jp
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2011/7/11 -GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データ ...


NCBI GEO のRNA-seqデータを分析する GREIN

  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2019/09/03
  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2019/09/03

2019/9/3 -GEO RNA-seqデータの分析のためのGEO RNA-seq Experiments Interactive Navigator（GREIN）ウェブツールを開発、展開することによってこの問題に対処する ...


GSEA

https://www.gsea-msigdb.org
https://www.gsea-msigdb.org

Updated with gene data from Ensembl 110. Human and Mouse collections for Reactome, GO, and WikiPathways have been updated. See the release notes for details ...

MSigDB-Login-GSEA-MSigDB Documentation-GSEA/MSigDB Registration


Frequently Asked Questions - GEO - NCBI

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov
  2. geo
  3. info
  4. faq
  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov
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2024/2/22 -Gene Expression Omnibus (GEO) is a database repository of high throughput gene expression data and hybridization arrays, chips, microarrays.