保存度による色分け(chimera編) - おうちでできる構造解析

  1. https://ouchidekaiseki.com
  2. consurf2
  1. https://ouchidekaiseki.com
  2. consurf2

Tools → Sequence → MultAlign Viewerからアライメントファイル(.aln)を開きます。 配列の選択; Structure → Associationsからpdbファイルに対応する配列を選択します。


立体構造データベースと その利用 - 東京大学

PDF
  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
PDF
  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures

2012/4/19 -– 選択を追加する時は、「Ctrl」と「Shift」キーを押しな ... • 選択している場合は、選. 択された原子の表示 ... ChimeraでPDBファイルを開き、タンパク質を.


Molecular_dockingについて -

  1. https://home.hiroshima-u.ac.jp
  2. naka
  3. wiki
  4. wiki
  5. Mol...
  1. https://home.hiroshima-u.ac.jp
  2. naka
  3. wiki
  4. wiki
  5. Mol...

適当なフォルダに Save PDB で pdb ファイルをセーブする。 chimera では Select -> Residue -> non-standard で、アミノ酸以外の部分を強調して表示できる。3PTB では ...


分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 - TogoTV

  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...
  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...

2008/9/24 -chimera』はPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。


UCSF ChimeraとModellerを用いた ホモロジー・モデリングと ...

PDF
  1. https://pdbj.org
  2. cms-data
  3. workshop
  4. kawabata
PDF
  1. https://pdbj.org
  2. cms-data
  3. workshop
  4. kawabata

2015/6/13 -1) Chimeraを起動して、メニューから [File]→[Fetch by ID…]を選ぶ。 2) [PDB]を選択、IDのフォームに”1ahr”と入力し、[Fetch]をクリック。 3 ...


立体構造データベースと その利用 - 東京大学

PDF
  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
PDF
  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures

2019/4/11 -• 選択している場合は、選. 択された原子の表示が. 変わる. 13 ... 除する（splitしてからB鎖をcloseしても良い） ... PDBファイルをChimeraで開き表示せよ. 4 ...


PDBデータの使い方・ 分子ビューワの使い方の基礎

PDF
  1. https://pdbj.org
  2. workshop
  3. kawabata_20210929
PDF
  1. https://pdbj.org
  2. workshop
  3. kawabata_20210929

2021/9/30 -Pythonスクリプトをダウンロードして. [File]→[Run Script…]で選択して実行すると、. 新しいコマンドが使えるようになる. Page 24. UCSF Chimera. ・UCSF ...


分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 応用編 - TogoTV

  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...
  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...

2008/10/10 -chimera』はPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。


Sequences and Structures Tutorial

  1. https://www.cgl.ucsf.edu
  2. UsersGuide
  3. tutorials
  4. super
  1. https://www.cgl.ucsf.edu
  2. UsersGuide
  3. tutorials
  4. super

This sequence alignment contains the barrel domains of eight enolase superfamily members. Start Chimera by clicking or doubleclicking the Chimera icon ( ...


初めてのPDB登録 - おうちでできる構造解析

  1. http://ouchidekaiseki.com
  2. registration
  1. http://ouchidekaiseki.com
  2. registration

PeaZipを起動して、圧縮するファイルを選んで "Convert"をクリックします。 プルダウンメニューから "GZip" を選択して、"OK" をクリックします。 登録 ADIT. PDBj ...