NCBI BLASTチュートリアル

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  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial
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  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial

... BLAST検索ができるようになっています。大きく分けて上部の赤四角で囲んだ部分で. は、ゲノム配列決定がされた生物種に関する各種配列データへのホモロジー検索が可能です ...


BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to ...

Standard Protein BLAST-Nucleotide BLAST-Align two or more sequences-Blastx


配列データベースとホモロジー検索

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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures

Lipman (1997),. "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= hsa:7100 TLR5 ...


相同性検索プログラムBLASTの内部構造 - DDBJ

  1. https://www.ddbj.nig.ac.jp
  2. activities
  3. blast-doc
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  3. blast-doc

最初に，相同性（homology）の概念について解説します。単に相同性と言っても，様々です。2本の配列を比較したときに，連続した5個のアミノ酸のみが完全 ...


BLASTとコンパチブルで高速なホモロジー検索ツール Diamond

  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2017/08/24
  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2017/08/24

2017/8/24 -Diamondはindexのつけ方を工夫することでBLASTXの解析速度を加速できるツール。blastと同等の機能を持つが、論文ではblastより最大20000倍高速化 ...


BLASTクイックスタート

  1. https://www.jst.go.jp
  2. nbdc
  3. bird
  4. minicourses
  5. blast
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  2. nbdc
  3. bird
  4. minicourses
  5. blast

その後、blastボタンを押してホモロジー検索を実行します。 しばらく待つと結果が表示されます。極めて多くのヒットが認められます。トップヒットのアライメントを見て ...


2. アミノ酸配列解析

  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02
  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02

アミノ酸配列解析. 2-1. タンパク質のホモロジー検索. 2-1-1. Protein-protein BLAST (blastp) による検索. 前出のblastxが (塩基配列) 対 (アミノ酸配列) の ...


FASTAとBLASTについて - DDBJ - 国立遺伝学研究所

  1. https://www.ddbj.nig.ac.jp
  2. activities
  3. homology-doc
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  3. homology-doc

NCBIでは、BLASTというFASTAのほぼ50倍速い、ホモロジー検索サービスが提供されます。これは、電子メールによるサーバーで、e-mailで検索配列を送るとe-mailで結果が ...


情報処理演習（バイオインフォマティクス入門）

  1. https://www.cc.kochi-u.ac.jp
  2. ~tatataa
  3. info
  4. BLAST
  1. https://www.cc.kochi-u.ac.jp
  2. ~tatataa
  3. info
  4. BLAST

... BLAST によるホモロジー検索 さて，いよいよ検索です。 検索するためには，自分の配列を BLAST による検索の画面に入力しなければなりません。 京大・化研のGenomeNet ...


遺伝子解析ツール集：ホモロジーサーチ - 研究留学ネット

  1. http://www.kenkyuu.net
  2. genetool-03

BLAST ☆ NCBI · DDBJ · GenomeNet. 他の方法に比べて桁違いに高速であるBLAST法はホモロジー検索の方法としては最近もっともよく利用されている。


BLAST ホモロジーに関するQ&A（2件）

Yahoo!知恵袋

Q.ホモロジーモデリングに用いられるMODELLERプログラムについての質問です。 MODELLERプログラムはBLASTを用いていると書いてありましたが、 どのように用いているのでしょうか。 目...

A.質問がよくわからないです。 Eswar et al.のFigure 2.9.7にある２つの配列ではなく複数の配列からなるマトリクスファイルと比較するということでしょうか。 ひとつひとつ、チュー...

解決済み-回答：2件-2015/12/30

Q.某大学でバイオテクノロジーについて学んでいます そこで質問なんですが、 ホモロジー検索について謝ってるものはどれかという問題で、 1.ホモロジーが高ければ、共通の祖先遺伝子に由来する可能性が高い 2

A.hobbygogさん 誤っているのは４番です。 FASTA や BLAST は、データベースではなくホモロジー検索を行なう プログラムの名前です。 DNA やアミノ酸配列を取り扱うプログラムで、

解決済み-回答：1件-2016/11/21