モチーフ検索

  1. https://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~shimizu
  3. bio
  4. motif
  1. https://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~shimizu
  3. bio
  4. motif

タンパク質のモチーフを検索する目的は大きく2つあります。 ◇機能、および機能部位の予測. 保存された配列から共通のモチーフを見つけ出すことでタンパク質間での機能 ...


課題5．モチーフ検索（MOTIF, Pfam）

  1. https://www.kanehisa.jp
  2. Japanese
  3. lect
  4. prob05
  1. https://www.kanehisa.jp
  2. Japanese
  3. lect
  4. prob05

ヒトのアポトーシス関連遺伝子 BCL2 のアミノ酸配列中にどんなモチーフがあるか、MOTIF および Pfam で検索する。 手順：MOTIF. DBGET でアミノ酸配列データベース ...


Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる 2017 | TogoTV

  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...
  1. https://togotv.dbcls.jp
  2. ...

2017/12/12 -今回は、HMMERが組み込まれているInterProScanを使うことにより配列のドメイン検索を行い、そこからPfamを使用してドメインの情報を調べています。また、 ...


タンパク質データベースリンク集 - ターゲットタンパク研究プログラム

  1. http://www.tanpaku.org
  2. tp_links
  3. databases
  1. http://www.tanpaku.org
  2. tp_links
  3. databases

2011/9/27 -実験的裏付けのあるアミノ酸配列モチーフを集めたデータベース． InterProで検索されるデータベースの一つ． SMART. 動く遺伝因子のドメインとドメイン ...


アミノ酸配列からタンパク質の機能を探る ファミリー、ドメイン

PDF
  1. https://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~shimizu
  3. seq3
PDF
  1. https://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~shimizu
  3. seq3

マルチドメインタンパク質の1つのドメインが、原核生物で単独のタンパク質 ... タンパク質の配列が検索される. 繰り返し. モチーフ ... • モチーフ検索、二次構造予測、翻訳後 ...


PROSITE | タンパク質ドメイン・機能部位データベース - 生命情報科学

  1. https://bi.biopapyrus.jp
  2. prosite
  1. https://bi.biopapyrus.jp
  2. prosite

機能部位の検索; 配列中にある機能部位の推測. 機能部位の検索. 機能部位（ドメインやモチーフなど）の名前がわかっている場合、その名前で検索することが可能である。


配列モチーフ解析 - ゲノム解析ツール リンク集 - Tool - NBDC

  1. https://togodb.biosciencedbc.jp
  2. togodb
  3. view
  4. stga_tool
  1. https://togodb.biosciencedbc.jp
  2. togodb
  3. view
  4. stga_tool

モチーフ検索の結果、ヒットしたモチーフの種類毎にp-valueが得られる。その積算値は統計値として取り扱われ、入力配列が特定タンパク質ファミリーに属することについてのp ...


2. アミノ酸配列解析

  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02
  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02

モチーフ、ドメイン検索. 上述したように、モチーフとはタンパク質中で局所的に非常に良く保存されているアミノ酸配列のことであり、多くは機能と対応づけられている。


配列モチーフを探す STREME - macでインフォマティクス - はてなブログ

  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2020/12/17
  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
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  3. 2020/12/17

2020/12/17 -STREMEは、選択した停止基準を満たすまで、以下の5つのステップを繰り返してモチーフを検索する。停止基準は、モチーフの統計的有意性（p値）、または ...


タンパク質のモチーフやドメインを知りたい - YouTube

  1. https://m.youtube.com
  2. playlist
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2013/7/22 -タンパク質のモチーフやドメインを知りたい · eProtS(タンパク質構造百科事典)の使い方 · InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する · NCBIの構造 ...