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2014/11/18 -It depends on what value you set for the option outfmt (options range from 0 to 12) and you can only use either one of the max_target_seqs ...
2023/12/15 -A recent paper by Shah et al., 2018 explains the default behaviour in BLAST using the --max-target-seq setting. Many people use this setting ...
2018/9/28 -The parameter -max_target_seqs is set by default to 500. Does it mean that if there are more than 500 significant hits, I don't have a guarantee ...
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max_target_seqs. integer. 500. Number of aligned sequences to keep. Use with report formats that do not have separate definition line and alignment sections ...
2018/9/24 -The invocation using the parameter '-max_target_seqs 1' simply returns the first good hit found in the database, not the best hit as one would ...
NCBI blastp seems to have a bug where it reports different top hits when -max_target_seqs is changed. This is a serious problem because the first 20 hits ...
2015/12/18 -So basically while most of the time -max_target_seqs does seem to be a final filter before the output is written, this setting actually happens ...
-max_target_seqs : maximum number of targets to report. -perc_identity: percentage identity cutoff. -task blastn-short : for short queries. Output format ...
max_target_seqs. integer. 500. Number of aligned sequences to keep. Use with report formats that do not have separate definition line and alignment sections ...
2018/9/27 -The invocation using the parameter --max-target-seqs 1 simply returns the first good hit found in the database, not the best hit as one ...