角などの構造パラメータの計算, (3)電荷や疎水性. などの物理化学量の計算, (4)分子構造やコンポメ. ーションの修正, (5)類似する二つの分子構造の比. 較(重 ね合せ), (6) ...
生体分子の電荷分布の高精度解析法 - 理化学研究所
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2016/8/25 -右：酵素カタラーゼの原子モデルの荷電アミノ酸、イオンに、さまざまな部分電荷を与えて構造精密化した際のエラー。エラー値が小さいほど、実測データと ...
これは古典力学に基づく方法で，原子中. 心に点電荷を配置した計算モデルを利用する．タンパク. 質の基本骨格は 20 種類のアミノ酸残基から構成されてい. る．これら ...
タンパク質は多くの解離基および極性基をもってお. り，pHによってその荷電状態は異なる．正負の電荷の. 総和が0で，電気泳動的にプラス側にもマイナス側に. も移動しない ...
タンパク質の物性を制御するカチオン化技 術と工学的応用
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本稿では，筆者らが取り組んでいる. タンパク質の化学修飾法を駆使して正電荷を付与（カチオ. ン化）する技術が，タンパク質の高効率な生細胞内導入や，. 不溶性の変性 ...
PyMOL 静電ポテンシャルの表示 - おうちでできる構造解析
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表面電荷を表示したいpdbファイル(PQRファイルを作成するときにアップロードしたもの)をPymolで開きます。 APBS toolsの起動; Plugin → APBS tools; 設定; MainタブのUse ...
タンパク質における電子移動を司る新しい分子間相互作用〜｜お知らせ
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2019/8/16 -タンパク質中を電子が移動する際に、タンパク質を構成するアミノ酸に含まれる硫黄原子（S）と芳香環（π電子）（注1）が共同して正電荷（正孔）（注2）を ...
タンパク質の立体構造解析に新たなモデルを提唱【3分で読める研究 ...
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2022/7/28 -タンパク質の立体構造解析に新たなモデルを提唱. ―より正確な立体構造の観測や予測を実現！生命科学研究の進展に寄与―. （2022.5.27 発表） ...
粗視化分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質表面電荷が凝集性 ...
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粗視化分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質表面電荷が凝集性に与える影響の検討 ... ク質に見立てた粒子の凝集を、格子モデルを用いて調べた結果、総電荷がゼロに ...
鉄硫黄タンパク質の0.48Åという超高分解能での電荷密度の解析
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電荷密度の解析の結果，鉄原子のまわりには3d電子に対応する電子密度，硫黄原子のまわりには3p電子に対応する電子密度が観測され，多極子原子モデルによる精密化に取り入れ ...