配列データベースとホモロジー検索

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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
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ホモロジー検索は，配列の類似性から類縁の遺伝子・タンパク質を. 検索する方法で，進化・系統分類の解析，機能解析などを目的とした. 配列解析の最も基本的な手法の一つで ...


NCBI BLASTチュートリアル

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  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial
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  1. https://www.jst.go.jp
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具体的にはユーザが手元に持っている塩基配列、あるいはアミノ酸配列を問い合わせ配列（query配列）とし ... 配列データへのホモロジー検索が可能です。 次に中央 ...


2. アミノ酸配列解析

  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02
  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
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  3. section_02

NCBIのblastpではホモロジー検索を行うと同時にその蛋白質のドメイン構造に関する情報も得ることができ、大変便利である。ここでは大腸菌のDNAポリメラーゼIの配列を例に ...


3. データ検索 -DNAデータベースを用いた配列検索-

  1. https://home.hiroshima-u.ac.jp
  2. chubo
  3. phylo
  1. https://home.hiroshima-u.ac.jp
  2. chubo
  3. phylo

DNAの塩基配列などを集めた公的なデータベースとしてDNAデータベースが代表的なものとしてあげられる．DNAデータベースとして，DDBJ（日本），EMBLE（ ...


FASTAとBLASTについて - DDBJ - 国立遺伝学研究所

  1. https://www.ddbj.nig.ac.jp
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  3. homology-doc
  1. https://www.ddbj.nig.ac.jp
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  3. homology-doc

ホモロジーサーチは検索者が指定したDNAや蛋白の配列に近いものをデータベースの中から捜し出すという作業です。配列がぴったし一致するなら、UNIXのgrepや宮沢さんの ...


DBRP相同性検索（BLAST） - アミノ酸配列から探す - NITE

  1. https://www.nite.go.jp
  2. nbrc
  3. dbrp
  4. blast
  1. https://www.nite.go.jp
  2. nbrc
  3. dbrp
  4. blast

DBRP相同性検索（BLAST）は、塩基配列、アミノ酸配列から、NBRC株・国内由来RD株を探すことができます。


BLASTクイックスタート

  1. https://www.jst.go.jp
  2. nbdc
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  4. minicourses
  5. blast
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  5. blast

このミニコースでは、配列相同性検索プログラムであるBLASTファミリについて実用的な紹介をしていきます。その課題は単純な探索から、ある特別な目的の探索をBLASTの ...


生物配列解析基礎

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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
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2021/4/7 -配列データベースとホモロジー検索. 法政大学生命科学部. 応用植物科学科 ... 塩基配列 ＝ DNAの塩基（G A T C）の並び順. ▫ どのようにして，塩基配列を ...


③配列を比較したいとき - 遺伝子配列の検索や比較に役立つwebツール ...

  1. https://guides.lib.kyushu-u.ac.jp
  2. alignment

2023/10/18 -取得した塩基配列(もしくはアミノ酸配列)と相同性のある配列（似た配列）を検索したいときによく使用されるのが、BLAST(Basic Local Alignment Sarch ...


NCBIを用いた相同性検索

  1. https://www.ipc.shimane-u.ac.jp
  2. plant
  3. protocol
  4. NCBI
  1. https://www.ipc.shimane-u.ac.jp
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  4. NCBI

「NCBI BLAST N」 ・・・ DNA配列のホモロジー検索サイト(N:nucleotide). 「NCBI BLAST P」 ・・・ タンパク質(アミノ酸配列)のホモロジー検索サイト(P:protein). 1 ...