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1. VMDでVASPの計算結果を可視化する手順 - HPCシステムズ
   2012/10/26 -VMDでは以下のように、OUTCARにCHGCAR（電荷密度情報）を重ね合わせて表示できます。 1.上記の手順でVMDでOUTCARを表示させます。 2.VMD Main ...
   https://www.hpc.co.jp > 計算化学 > ソフトウェア > VASP
2. 分子動力学法実習 - アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
   2014/6/2 -• 電荷分布は点電荷からなる. →一般には格子点に乗らない. →ガウス関数で ... • 差の電荷分布では、点電荷のまわりに、これを打ち. 消す反対の符号の ...
   https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp > lectures
3. 生体分子系の分子動力学シミュレーション データの解析入門 - HPCI
   2022/2/18 -Visual Molecular Dynamics (VMD). # VMDの起動 vmd md.pdb vmd -psf md. ... • 電荷、質量. • 溶媒露出表面積 (SASA). 22. Page 23. 解析手法の例：共分散 ...
   https://www.hpci-office.jp > materials
4. GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算
   MD計算のための点電荷計算には、GaussianなどのMO計算プログラムの結果から、electro staticpotential （ESP）電荷として得られたものを使うのが主流となっているが、以下 ...
   https://makoto-yoneya.github.io > MDforPRIMERS
5. measure
   Note that measure bond does not care about the bond that are specified in a psf file or that are drawn in VMD it just returns the distance! Similar things ...
   https://www.ks.uiuc.edu > node124
6. Displaying the total charge density from a Cube file in VMD - YouTube
   2020/3/21 -Share your videos with friends, family, and the world.
   https://www.youtube.com > watch
7. VMD - Visual Molecular Dynamics
   VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting.
   https://www.ks.uiuc.edu > vmd
8. 生命系の分子動力学シミュレーション
   2017/11/29 -– 量子計算後、表面電場を再現するように電荷を配置. （RESP電荷） http ... VMD(Visual Molecular Dynamics)というグラ. フィックスソフトも開発。 – VMDに ...
   http://www.eccse.kobe-u.ac.jp > assets > life_science4
9. Electrostatic Maps and Ion Conduction - The Aksimentiev Group
   This tutorial is designed to guide users of VMD and NAMD in all the steps re- quired to determine permeation and electrostatic properties of membrane chan-.
   https://bionano.physics.illinois.edu > ion-tutorial
10. 使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移
    2018/6/3 -有一种做法可以解决这个问题，就是通过原子的颜色来表现其原子电荷、自旋布居等属性的正负和大小，这样非常直观。在VMD程序中支持这种着色方式，在笔者 ...
    http://sobereva.com > ...