配列データベースとホモロジー検索
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ホモロジー検索は，配列の類似性から類縁の遺伝子・タンパク質を. 検索する方法で，進化・系統分類の解析，機能解析などを目的とした. 配列解析の最も基本的な手法の一つで ...
Smith-Waterman法は データベース中のすべての配列との間で忠実にアラインメントを行なってホモロジースコアを算定する。BLASTやFASTAで見落とすような弱い類似性も拾える ...
コップ＝輪っか？：ホモロジー解析技術による新規画像診断法
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2020/3/11 -ホモロジー解析では初めに、白黒の濃淡として得られる. 腫瘍 CT 画像を濃さによって白または黒の 2 つの色に変換（2 値化処理）します. （図 2）。その際 ...
NCBI BLASTチュートリアル
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... 検索ができるようになっています。大きく分けて上部の赤四角で囲んだ部分で. は、ゲノム配列決定がされた生物種に関する各種配列データへのホモロジー検索が可能です。
2. アミノ酸配列解析
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NCBIのblastpではホモロジー検索を行うと同時にその蛋白質のドメイン構造に関する情報も得ることができ、大変便利である。ここでは大腸菌のDNAポリメラーゼIの配列を例に ...
BLASTとコンパチブルで高速なホモロジー検索ツール Diamond
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- 2017/08/24
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2017/8/24 -Diamondはindexのつけ方を工夫することでBLASTXの解析速度を加速できるツール。blastと同等の機能を持つが、論文ではblastより最大20000倍高速化 ...
ホモロジーモデリング：バイオキーワード集 - 羊土社
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構造予測を行うタンパク質のアミノ酸配列を，立体構造データベースのアミノ酸配列に対してホモロジー検索を行い，もし立体構造既知のタンパク質と有意な配列ホモロジー ...
ねこでも分かるパーシステントホモロジー - Blogicoffee
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2019/7/23 -どちらも平岡裕章先生が書かれたものです。 タンパク質構造とトポロジー(書籍); 位相的データ解析の基礎と応用(スライド). 数学に素養のある方なら論文 ...
生物配列解析基礎
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2021/4/7 -大量の質問配列についてBLAST検索を行いたい. 自分の持っている未公開のデータに対して検索したい. ホモロジー検索を用いて比較ゲノム解析を行いたい.
ホモロジーの概念を用いた組織画像解析方法について 42
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ここではホモロジーを 「接触を定量評. 価する概念」 という原点にもどり、それに基づいた組織画像解析法を提案する。 本稿では、これまでに解析を行ってきた生体組織への ...