Molecular_dockingについて -

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  2. naka
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  5. Mol...
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Chimera でリガンドの準備をする; Chimera + Autodock vina による Docking 計算. 結果の処理 ... 電荷 charge を負荷するダイアログに進む。「Other residues」の設定は ...


UCSF ChimeraとModellerを用いた ホモロジー・モデリングと ...

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  1. https://pdbj.org
  2. cms-data
  3. workshop
  4. kawabata
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2015/6/13 -・部分電荷の付加 [Tools]→[Structure Editing]→[Add Charge]. ・低分子ドッキングプログラム Auto Dock Vina の実行. [Surface/Binding Analysis] ...


立体構造データベースと その利用 - 東京大学

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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
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2012/4/19 -Chimera 1.5.2のアイコン. をダブルクリックし起動. 4. メニューの「File」→「Open」. で1HVR.pdbを開く. 9. Page 10. UCSF Chimeraの操作（1）. • 回転.


複合体構造モデリング - アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット

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  1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
  2. lectures
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2014/6/9 -UCSF Chimera 1.8.1を起動. 2. 「File ... Chimeraを起動し、complex.1.cov.pdb～ complex.10.conv.pdb ... →「Add Charge」で電荷を計算. （全電荷は+0 ...


UCSF Chimeraを用いて電顕マップを見てみよう

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  4. 210930BI...
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2021/9/30 -メニューバーのFavorites → Command Line. 画面下部に出現したCommand: の部分に rainbow chainと入力しenter（chainごとに色分け）.


【PyMol+Chimera+AutoDock Vina】フリーソフトで雰囲気SBVSをやっ ...

  1. https://qiita.com
  2. Python
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2021/5/28 -ドッキングに向けての前処理 II 【Chimera】. 単離した受容体とリガンドに水素を付加し, 電荷を割り当てる. このチャプターではChimeraを用います.


AddH

  1. https://www.cgl.ucsf.edu
  2. chimera
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AddH icon. AddH adds hydrogen atoms to molecules, as well as OXT atoms where missing from peptide C-termini. Chimera uses atom and residue names, or if these ...


UCSF Chimera Home Page

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UCSF Chimera is a program for the interactive visualization and analysis of molecular structures and related data, including density maps, trajectories, ...

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howto/chimera - PukiWiki

  1. https://orange.eit.hirosaki-u.ac.jp
  2. howto
  3. chimera
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2020/11/2 -howto/chimera † · 分子の読み込み · 複数分子があるときの、表示・非表示の選択 · マウス操作 · 原子の表現方法の変更 · 特定の原子を回転中心にする（拡大も ...


分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 応用編 - TogoTV

  1. https://togotv.dbcls.jp
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2010/6/29 -ChimeraはPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。 今回の番組では、基本編 ...