モチーフ検索

  1. https://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~shimizu
  3. bio
  4. motif
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  2. ~shimizu
  3. bio
  4. motif

保存された配列から共通のモチーフを見つけ出すことでタンパク質間での機能の類似を見つけだし、未知のタンパク質の機能や機能部位を推定することができます。 例えば、 ...


配列モチーフ解析 - ゲノム解析ツール リンク集 - Tool - NBDC

  1. https://togodb.biosciencedbc.jp
  2. togodb
  3. view
  4. stga_tool
  1. https://togodb.biosciencedbc.jp
  2. togodb
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モチーフ検索サーバー。 アミノ酸配列に関してはProfilefindによるプロファイル検索とHmmpfamによるHMM検索が可能である。DBとしてはPROSITE Pattern、Skip entries with ...


配列モチーフを探す STREME - macでインフォマティクス - はてなブログ

  1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
  2. entry
  3. 2020/12/17
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  3. 2020/12/17

2020/12/17 -STREMEは、選択した停止基準を満たすまで、以下の5つのステップを繰り返してモチーフを検索する。停止基準は、モチーフの統計的有意性（p値）、または ...


課題5．モチーフ検索（MOTIF, Pfam）

  1. https://www.kanehisa.jp
  2. Japanese
  3. lect
  4. prob05
  1. https://www.kanehisa.jp
  2. Japanese
  3. lect
  4. prob05

ヒトのアポトーシス関連遺伝子 BCL2 のアミノ酸配列中にどんなモチーフがあるか、MOTIF および Pfam で検索する。 手順：MOTIF. DBGET でアミノ酸配列データベース ...


生物の研究に役立つデータベース - 生物情報工学研究室

  1. https://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp
  2. ~shimizu
  3. bio
  4. intro
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こうしたモチーフを登録し、与えられた配列から検索できるようにしたデータベースがモチーフデータベース（モチーフライブラリともいう）である。モチーフデータベース ...


GGGenomeで塩基配列のモチーフを検索してゲノムブラウザに表示する

  1. http://data.dbcls.jp
  2. ~meso
  3. meme
  4. archives
  1. http://data.dbcls.jp
  2. ~meso
  3. meme
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2015/12/18 -この記事では、同様のことをもっと簡単にできる方法を紹介します。 GGGenomeでヒトゲノムhg19を対象に TCYTTGACAR を検索。55201件のヒットが表示されます ...


2. アミノ酸配列解析

  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02
  1. https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp
  2. bioinfo
  3. section_02

モチーフ、ドメイン検索. 上述したように、モチーフとはタンパク質中で局所的に非常に良く保存されているアミノ酸配列のことであり、多くは機能と対応づけられている。


配列モチーフ探索 - Heavy Watal

  1. https://heavywatal.github.io
  2. bio
  3. motif
  1. https://heavywatal.github.io
  2. bio
  3. motif

Phylogenetic footprinting、発現パターン、ChIP結果などの補助的情報を使わず、 配列のみを使って解析する13のツールをfly, human, mouse, yeast, 人工データでテストした ...


ピーク内の配列のなかから既知のDNAモチーフ配列を発見する

  1. http://catway.jp
  2. bioinformatics
  3. ChIP-Seq
  4. pwmsearch
  1. http://catway.jp
  2. bioinformatics
  3. ChIP-Seq
  4. pwmsearch

発見されたモチーフ配列をDNA配列に対して検索する方法を述べる。これを行うモチベーションはいくつか考えられるが、主な理由は、発見したモチーフがどのピークに含ま ...


NCBI BLASTチュートリアル

PDF
  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial
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  1. https://www.jst.go.jp
  2. minicourses
  3. blast-tutorial

このチュートリアルでは、NCBIサイトでのBLASTによる相同性検索の方法について、一般的な使い方を紹介してい ... 続いてアミノ酸配列同士の配列比較時の検索エンジンを設定 ...