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BLAST結果をdatabaseに格納する. BLASTの結果を元に、双方向のbest hitを抽出するには、リレーショナルデータベースを利用するのが有効である。

何エントリか前に紹介した遺伝子対応表を作る際に、一般的には双方向ベストヒットということをよくやります。これは2種類の生物種にコードされた遺伝子セット全体を ...

2018/3/29 -ここにあるように、blastの結果から1行目だけをawkで取り出す。 その上でcutで先頭の2カラムを抽出すればいけるよね。 ワンライナーなら $ blastn -query ...

2017/8/10 -このような流れで、全contigをblastにかけてベストヒットのアノテーションリストを入手できる。 集計する。1列目は数値順、2列めは辞書順でソート ...

2017/4/7 -Why do you want ot select only one blast match for each sequence and why it has to be the top hit. From statistical and algorithm perspective ...

2020/10/11 -ここでは、blastpよりも高速に動作するソフトウェアを用いてRBHの結果を比較することに焦点を当てた。すなわち、lastal、diamond、MMseqs2である。 テスト ...

2012/9/7 -Hello I am running standalone blast now to blastp a protein data set against a genome data. Although I have set the best-hits filtering ...

This function performs a BLAST search between query and subject sequences and returns only the best hit based on the following criteria. A best blast hit is ...

This function performs a BLAST search between query and subject sequences and returns only the best hit based on the following criteria.

CRB-BLAST is a novel method for finding orthologs between one set of sequences and another. This is particularly useful in genome and transcriptome annotation.