稀代の名作ボボボーボ・ボーボボでは大ボスが目覚める前に本気で倒す試みがされてます...残念ながら未遂ですが pic.twitter.com/wrlhkVamb8

ゲームとかだと、「敵の無敵状態をキャンセルするアイテム」というのはありますね。それを持っていかないと倒せない系(イースの銀の装備とか) 敵のベストを力技で乗り越えるのではなく何かの手でキャンセルするって意味では近いけど、まあちょっと違うのかな

仮面ライダーブラックがその完全体を阻止して終わる話ですかね 主人公を吸収して完全体になるタイプならそういう話に出来るかも

「敵の完全体化」を防ぎたいのは倒せなくなるからなわけですけど、その理由が「我々の現在の戦力より上になるから」だと読者の気分が乗らないですよね（グダグダ阻止せずさっさと話進めてになる） 「理論上どんなに我々が強くなっても倒せなくなる」の方が阻止に緊迫感出る気がします。

ナウシカの巨神兵は似てるけどちょっと違いますかね。 あと大ボスじゃなくて中ボスですがダイの大冒険でミストバーン改めミストがヒュンケルの体奪って最強になろうとしたけど阻止されたのもそれに近いものを感じました。 孔雀王の退魔聖伝は割とそう言う話多かったかと。サタンやテスカトリポカとか

仮面ライダーＺＯ 敵であるドラスはＺＯを取り込むことで完全体になるので最終的にには完全体になることを阻止して戦うかたちになるかと。

「無限に進化し続ける存在なので、そのままだと作中の最終形態よりも更に強くなる事が予想される」 みたいな描き方だと視聴者も満足出来そうな感じですね ゴジラのデストロイアみたいな感じの pic.twitter.com/o3scMd9vCm

なんだっけ……思い出した！ 「シャングリラ・フロンティア」 「墓守のウェザエモン」戦です。 ウェザエモンは戦闘中にサポートユニット「戦術機馬　騏驎」を召喚しますが、ウェザエモンと騏驎が合体すると手が付けられない（攻略メンバーの一人が体験済）ので主人公達は合体を阻止して倒します。 pic.twitter.com/gPOz3dS7E5

GS美神とか？アスタロト(だっけ)の本体先に倒したから残った肉体(超巨大)が動き出して、それも倒して…。みたいな展開ありませんでした？

毛色が違いますが、エイリアン4のラストシーンも近いものがあるかも...