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この場合、例えばウイルスも含めてシミュレーションに組み込んでしまえば共進化のようなことが起こるかも知れません(この場合、ある配列の変異のし易さはその時のウイルスの進化による)。また、放射線や遺伝子の修復機構も盛り込むといった、物理や化学的知見に基づくシミュレーションも有り得ますね。
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色々考えられますね。 突然変異の場合には変異し易さに規則が有ったほうが良さそうですね。 それとは別に有性生殖では重要な機能の遺伝子は残す様に選択されてるかも知れません（ほんとのところは知りませんが）。 この場合は変異し易さも進化の過程で決定されるものになりそうです。
