自分の経験上、30-60分程度の待機なら大きな問題なかった気がします 同時に8つのゲルを流したくて、全てアプライしてから電気泳動を開始したことが何度かありますが、特に滲んだり困った事にはなりませんでした

10mAくらいで掛けておいたらどうでしょうか。

しばらくは大丈夫なはずです。確実に行うなら、最初の泳動槽のゲルにアプライしたら、泳動槽とパワーサプライつないで電気流しはじめます。二つ目の泳動槽のゲルにアプライしたら、泳動槽とパワーサプライをつないで、電流を2倍にしてはどうでしょうか。 3つめが終わったら、つないで電流は3倍。

私の場合ものぐさなので、多連で流す場合サンプルをpcrストリップに分注→マルチチャンネルピペットで一気にアプライですね。事前にマルチチャンネルピペットとウェルがどのくらいの間隔か調査する必要はあります。