階層的になってると全体を外観したり深掘りできたりできていいですね。ともあれ入力量を削減したいので、テキスト入力した可視化だけツールがしてくれる方を好んでしまいます。パッケージ階層みたいな定義情報で階層化だけでなく、シーケンス図や状態遷移図をセンスよくリバースで作ってくれると嬉しい

アイコン数の爆発、は鋭い指摘ですね。私は「ツリー構造」までならまだ目はあると思っている派閥ではあって、それならアイコン数の爆発問題は回避可能ではあろうかと（IDEでのツリー構造表示なんか見るに）