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#統計 fnh = FNH(a+c, b+d, a+b, OR)とおくと、Rのfisher.testのP値は pvalue(a,b,c,d|OR) = sum(pdf(fnh, x) for x in support(fnh) if pdf(fnh, x)⪅pdf(fnh, a)) のOR=1の場合を使って計算されている。離散分布の数値計算で≤を使うと失敗するので、⪅と書いている。純粋数学的には≤でよい。

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黒木玄 Gen Kuroki@genkuroki

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#統計 1つ上の投稿のP値関数を使えば、Rのfisher.testが表示するnull P値と整合的な信頼区間を計算できます。 そうして欲しい人は多いと思います。 そうすることを実装したのがRのexacr2x2パッケージです。 x.com/genkuroki/stat…

黒木玄 Gen Kuroki@genkuroki

#統計 色々あるFisher検定のP値と信頼区間とP値函数のグラフをRで見たい人は、exact2x2パッケージを入れるとよいです。これ、P値函数をプロットしてくれるところが、fisher.testよりもずっと便利です。 添付画像は #Julia言語 から #R言語 のexact2x2を使ってP値函数のグラフを表示させている様子。 pic.twitter.com/V5gwzmINhU

黒木玄 Gen Kuroki@genkuroki

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