#カガク。#生体分子。#分子。#アミノ酸。ヘモグロビン。水溶性タンパク質。必須・準必須・非必須アミノ酸区別のこだわり。多くの生物のアミノ酸配列の違いから #分子進化 も視野に。Jmolヘモグロビン ecosci.jp/pdb/hemoglobin… pic.x.com/fczhsjpnrs

#カガク。#生体分子。#分子。#アミノ酸。FASTA形式アミノ酸配列から、ヒトの必須・準必須・非必須アミノ酸の区別着色用秀丸マクロをそれぞれの数を算出するように改良。マクロはテキスト形式なのでご自分で変更も可能です。　ecosci.jp/pdb/hm/macro_g… pic.x.com/ftl4v41mn9

#カガク。#生体分子。#アミノ酸。名古屋大学『細菌の「べん毛」を動かす"回転モーター"の構造を解明』の海洋性ビブリオ属細菌のべん毛のSリングの構造PDB 8Z4D（他α炭素のみ；8Z4Gにあり）。アニメgifに必須・準必須・非必須アミノ酸区別画像も含む。JmolトピックNo.1246 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/zmixyiblt6

#カガク。#生体分子。#分子。#アミノ酸。必須・準必須・非必須アミノ酸区別のこだわり続く。#生命誕生 にも繋がるセントラルドグマ関連。Jmolコドンと遺伝暗号表 ecosci.jp/pdb/codon_j.ht… pic.x.com/fioaikmo3b

#カガク。#細胞。#生体分子。#分子。#アミノ酸。引き続き必須・準必須・非必須アミノ酸の区別にこだわって。細胞接着に関わるカドヘリンについて。Jmolカドヘリン ecosci.jp/chem10/weekmol… pic.x.com/aonbi8uddt

#カガク。#生体分子。#分子。#アミノ酸。GPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。アミノ酸の色分けにヒトの必須・準必須・非必須の区別追加。例として9/11公開のPDB 8Y53のR鎖とPDBsumデータ，アゴニストMK-5046結合ボンベシン受容体サブタイプ3（BRS3）。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/rn4596jkaa

#カガク。#生体分子。#分子。#アミノ酸。恐るべしGoogle！ 私的事情で書き直したコラーゲンのアミノ酸配列テキストがしっかり見つかってる。諸事情でアミノ酸識別の見直しが必要で，自作秀丸マクロも新作必要。 pic.x.com/jynwzja1a2

#カガク。#生命誕生。#生体分子。GADV仮説！　ecosci.jp/pdb/codon_j.ht… pic.x.com/iuixrtihmb x.com/nori_ichihashi…

#カガク。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。Nature ハイライト「構造生物学：ノルエピネフリン輸送体の構造から…」のPDB 8XB2とPDBsumデータ，阻害剤ラダファキシン（radafaxine）が結合したノルアドレナリントランスポーター。JmolトピックNo.1232に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/lwxd3zqlia

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDB 9D3G（他に9D3E公開）のA鎖とPDBsumデータ，アロステリックアゴニストOXM1結合のCCR6。緑優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/lcqjblacei

#カガク。#生体分子。#アルツハイマー。本日公開のPDBデータ360件の中から8J47，アミロイドβ線維E22G変異体（残基番号12-40）。理研「家族性アルツハイマー病に生じる特異な老人斑の謎に迫る」より。Jmolアルツハイマー病治療薬 ecosci.jp/chem5/alzheime… pic.x.com/d0ai6m226n

#カガク。#生体分子。明日は水曜、どんな新規PDBデータが公開されるだろうかと前日はワクワクする。昨夜の畏友との久々の再会同様、ヒトはそれぞれの歴史を背負いながら多くの交点を経て成長していくのだと思う。 pic.x.com/yiiudtoi8x

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。鍵と鍵穴。グラデーション。PNASにケタミンの記事（Science記事紹介），S-ケタミン（S-ketamine）とR-ケタミン（R-ketamine）の図をJmolトピックNo.472に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.x.com/egsl0ebs4y

#カガク。#環境。#生体分子。#分子。#医薬。鍵と鍵穴。グラデーション。北海道大学「3種類の睡眠薬の定量法を構築…」論文のラメルテオン（ramelteon）・スボレキサント（suvorexant）と関連PDBデータを既出レンボレキサント（lemborexant）のJmolトピックNo.959に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/2g0v6kdjdp

#カガク。#生体分子。#分子。先ほどの非GPCRのGtCCR4構造が日経ニュースに。日経「東大・名工大、非古典的チャネルロドプシンGtCCR4の高感度光受容機構を解明」 nikkei.com/article/DGXZRS… ※Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/j0ghodxmyx

#カガク。#生体分子。#分子。#薬物。続いてはGPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDB 8jxrのA鎖とPDBsumデータ，LSDが結合したドーパミン（ドパミン）D1受容体。緑優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/mlvgls6hfp

#カガク。#生体分子。#分子。非GPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ375件の中から8YELとそのPDBsumデータ，レチナール結合のチャネルロドプシンGtCCR4。東京大学の濡木 理さんほかの研究グループによる。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/fwiprrqb8i

#カガク。#生体分子。#分子。#嗅覚。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。N,N-ジメチルシクロヘキシルアミン（DMCHA）が結合した微量アミン関連受容体7f（TAAR7f）PDB 8PM2のR鎖とPDBsumデータ。緑優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/wnd9b1rrcu

#カガク。#生物。#生体分子。Jmolヘモグロビン　ecosci.jp/pdb/hemoglobin… pic.x.com/mmos2qmwll x.com/nikkeiscience/…

#カガク。#生体分子。#分子。アミノ酸。“amino acids”ツイート x.com/biochem_bri/st… で話題の図。とecosci.jpサイトのアミノ酸表 ecosci.jp/amino/amino2j_… を比較。 pic.x.com/7sfxaydrez

#カガク。#環境。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。PDBj「今月の分子 297:炭素回収のしくみ」より重炭酸イオンが結合した重炭酸輸送体BicA PDB 6KI1のA鎖とPDBsumデータ，およびルビスコと炭酸脱水酵素の構造例。JmolトピックNo.1245 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/oxzspy6sml

#カガク。#分子。#生体分子。#味覚。鍵と鍵穴。ピーマン苦味成分として話題になったクェルシトリン（クエルシトリン，quercitrin）と関連化合物クェルセチン（ケルセチン，quercetin），クェルシトリン結合PDBデータ例8DSHとPDBsumデータ。JmolトピックNo.1244 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/v2krnapvge

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。5月に理研プレスリリースがあった抗てんかん薬ブリバラセタム（ブリーバラセタム，brivaracetam），昨日錠剤発売のニュース出てJmolトピックNo.1225に同分子データ追加。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/vtjdr7q6os

#カガク。#環境。#生体分子。#分子。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。時々ニュースになるグリホサート（glyphosate）結合のEPSP合成酵素（EPSPS）PDB 8UMN（P126S・K296R変異体）のA鎖とPDBsumデータ，他にシキミ酸-3-リン酸も結合。JmolトピックNo.788に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.x.com/g4kdu7z0su

#カガク。#生体分子。鍵と鍵穴。グラデーション。膜タンパク質。Nature ハイライト「構造生物学：胎仔と成体でのアセチルコリン受容体の構造切り替え」よりアセチルコリンが結合したウシのアセチルコリン受容体PDB 9AVUのB鎖とそのPDBsumデータをJmolトピックNo.1034に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/g0tgykxv4b

#カガク。#生体分子。#分子。#アルツハイマー。理研「ドーパミンによるアミロイドβ分解機構の発見」中のネプリライシン（neprilysin）構造例PDB 1R1HとそのPDBsumデータを追記。Jmolアルツハイマー病治療薬 ecosci.jp/chem5/alzheime… pic.x.com/voy3izazyb

#カガク。#生体分子。#分子。続いてGPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDB 8ZMFとそのPDBsumデータ，agonist 5が結合した5-HT2C受容体（他にピマバンセリン結合の8ZMG公開）。塩野義製薬の研究グループによる。緑優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/lromz1w5x6

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ198件の中から8XVJ（他に8XVE・8XVH・8XVI・8XVK・8XVL公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，アンタゴニストのマシテンタン（macitentan）結合のエンドセリン1受容体。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/yhcc9gadqj

#カガク。#生体分子。#分子。#コード。5種類の核酸塩基（ATGCU）と20種類のアミノ酸で #生命 は支えられている。PDBのFASTA形式データから各種着色表html作成の自作秀丸マクロ。テキスト形式なので改変可能。　ecosci.jp/pdb/hm/macro_g… pic.x.com/c6pjqlsnfr

#カガク。#生体分子。#分子。#アルツハイマー。残基番号1-42のアミロイドβの構造PDB 2NAOのアミノ酸配列表追記。I/O値順および酸性・中性・塩基性区別。 ecosci.jp/chem5/alzheime… 後者については秀丸マクロ作ってなかったので突貫で。 ecosci.jp/pdb/hm/macro_g… #プログラミング。 pic.x.com/7utpjcxaeb

#カガク。#生体分子。#分子。#アルツハイマー。アミロイドイメージング剤18F-AV-45が結合したアミロイドβの構造PDB 8KF1（8/21公開，残基番号9-42；論文未出）とそのPDBsumデータ。他に8KF3・8KF4・8KF5・8KF6公開。 Jmolアルツハイマー病治療薬 ecosci.jp/chem5/alzheime… pic.x.com/iaknpmmwtt

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。鍵と鍵穴。グラデーション。ノルアドレナリントランスポーターのトピックにノルアドレナリン（noradrenaline）結合データがなかったのでPDB 8HFFを追加。ついでにPuzMolによる同分子画像も追加。“亀-C-C-N”。JmolトピックNo.1232 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/jj96s0ufjb

#カガク。#分子。#生体分子。ビタミン。グラデーション。赤と緑で水と油。Jmolビタミン　ecosci.jp/chem10/vitamin… pic.x.com/5auluipkuw

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。鍵と鍵穴。グラデーション。Nature ハイライトで紹介の2報のノルアドレナリントランスポーターのPDBデータとそのPDBsumデータ。デシプラミン結合の8HFIとジプラシドン結合の8WTY。JmolトピックNo.1232に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/1znigqbjdc

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDB 9IJD（他に9IJE公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，アゴニストのカラゾロール（carazolol）が結合したβ3アドレナリン受容体（β3AR）。緑・ピンク拮抗。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.x.com/kaah9iqrrq

#カガク。#生体分子。#分子。#冷感。TRPM。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ217件の中から9B6EのA鎖とそのPDBsumデータ，アンタゴニストTC-I 2014が結合したTRPM8チャネル。JmolトピックNo.779に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.x.com/anagauqrfv

#カガク。#生体分子。#分子。#生命誕生。RNAワールド。セントラルドグマ。多彩な機能を持つPLP，関連のビタミンB6と並べて。さらにDNA・RNA構造関係のヌクレオチドとの類似性。参考記事などをJmolトピックNo.1157に追記。ブルーバックス ecosci.jp/chem13/topics2… pic.x.com/vnxycjxvnw

#カガク。#生物。#生体分子。#分子。#分子進化。鍵と鍵穴。グラデーション。ヘモグロビン。大阪大学 蛋白質研究所「ワニはどうして長時間水に潜れるのか？」の重炭酸イオン結合PDB 8WIZのB鎖（ヘモグロビンβ）とそのPDBsumデータ，他の生物のデータと並べて。Jmolヘモグロビン ecosci.jp/pdb/hemoglobin… pic.x.com/sou50zdrea

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#アルツハイマー。GIGAZINE「アルツハイマー病患者の認知機能と記憶力を回復する化合物…」のDDL-920。“研究チームはマウスを用いた実験で効果を実証しており…”。ドッキングに用いたGABA(A)レセプターPDBデータは4COF・7QND。Jmol ecosci.jp/chem5/alzheime… pic.x.com/wlptzf7fdq