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AlphaFold3 β版で、糖鎖とタンパク質の複合体構造を予測できるか検証したら、予想以上に結晶構造と合っていて驚いた😳核酸と違って、糖鎖とタンパク質の相互作用は弱いんだけどスゴイな。 単糖や糖鎖はligandとして扱えないので、PTMのオプションでN型糖タンパク質を作成。計算時間は2-3分。早っ pic.twitter.com/owyiXbLevL
【5月12日】<ホジキン生誕(1910)> ドロシー・ホジキン(Dorothy Crowfoot Hodgkin[1910.5.12-1994.7.29]は英国の化学者。X線結晶構造解析によるペニシリン、ビタビンB12、インシュリン等複雑な生体分子の構造決定に貢献。1964年ノーベル賞受賞受賞。英国最初のノーベル賞受賞女性科学者。…
原子番号: 28 原子量: 58.6934 結晶構造:面心立方格子 密度: 8.902 g/cm3 融点: 1453 °C 沸点: 2732 °C 比熱: 0.444 J/(g·K) 熱伝導率: 90.7 W/(m·K) 電気伝導率: 6.80 × 106 S/m 磁性: 弱磁性
チタン(Ar)3d^2 4s^2のスピンは↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↑↑↓ 鉄(Ar)3d^6 4s^2のスピンが↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↓↑↑↑↑↑↓ らしい、どっちもd軌道のスピンが多いのにチタンは磁石につかないのよくわからない。結晶構造かな
レインボーアメシスト(Quartz var. Anandalite Amethyst) アメシストの稜部付近で光の干渉を起こして虹色になる標本 レインボーガーネットのような結晶構造に起因する光の干渉 ヘッダーに使用 産地 Burhanpur District, Madhya Pradesh, India #虹 pic.twitter.com/xNKkqY4Lxw
結弦さんに捧げる詩 科学研究眼泪在显微镜 呈现不同晶体 这滴 隐蕴广袤世界 山川纵横 霜凌覆原 雪晶有序 密布地土 涙を顕微鏡で見る科学研究です 異なる結晶構造を持っています この一滴です 壮大な図柄の世界を秘めています 山川縦横,霜がつらなり原を覆います 雪の結晶の秩序 密集した土 #羽生結弦 pic.twitter.com/sXHuHpYrU4
生体分子の立体構造予測って学習データが結晶構造解析結果だろうから, 結晶レベルで安定した配座しか予測できなくて現実の揺らぎは当然わからないって限界もありそうだなと思った. 予測精度が上がれば結晶構造解析のスループットは上がるだろうがその外のプロセスへの影響は限定的か
#東京大学大学院 #物質系専攻 #入試説明会 𠮷見研究室より! 物性現象の新時代! 化学組成と結晶構造の精密制御。 物質の未来を作ろう! 詳しくは5/18(土)入試説明会でお待ちしています k.u-tokyo.ac.jp/materials/exam… #柏キャンパス #新領域創成科学研究科
◾️AlphaFoldはなぜ話題なのか? - AlphaFoldは、6年間解けなかったアシメ12分子の結晶構造があっさり解くことができた - 2022年から200万以上のタンパク質構造を明らかにしている - 最新のAlphaFold3は「無料」で使え、高スペックなPCもいらない pic.twitter.com/XPl4fBAmuo
返信先:@Matsuda_PhDPhD・試薬市販できないか みんなに使ってほしい、もっと合成をミクロスケールでもプロセスでも簡単に!という思いがあるので、そのあたり含めて検討中でございます。 X線結晶構造解析が行えたら良いと考えております。 3/4
分子にはTransformerが効果的なので結晶構造にも使いたい。分子の時みたくフル接続attentionすると、N-to-♾️のattentionになるが、①収束するように距離減衰させるとポテンシャル和によるエネルギー計算っぽくなって、②さらに式を整理すると普通のN-to-Nのattentionっぽく計算できる。おもしろい。 pic.twitter.com/Mj1khLjRof
Large transverse thermoelectric effect induced by the mixed-dimensionality of Fermi surfaces nature.com/articles/s4146… 「独特な結晶構造を持つ三元金属LaPt2Bが、混合次元フェルミ面によって駆動される軸依存の熱電極性を示すことを報告」 熱電効果の符号が軸の向きで違うのおもろいね
萌出中の第一大臼歯はなぜハイリスク? ・低い位置にあるため、歯磨きしづらい ・咀嚼による摩擦が働かず、プラークがたまりやすい ・エナメル質の結晶構造が未成熟なので、高いpHで脱灰する ・萌出期間が14-17ヶ月と長い 詳しくは…tuftclub.jp/article/unders… #タフトくらぶ #歯科衛生士 pic.twitter.com/c5z9YVfjDR
言語モデルによる結晶構造予測の論文。 JARVIS-DFTの結晶構造をテキスト化しLLMを微調整、順方向の物性予測だけでなく逆方向の構造予測も実現し、所望の物性を指定し新たな超伝導材料を予測できたそうです。 NISTさんより。この手の手法もそろそろブレークスルーが必要か。 arxiv.org/abs/2405.03680 pic.twitter.com/FF6egbCBsT
mondで匿名メッセージ・質問を募集しています。何でも送ってね! #mondで問答 こんな質問に回答しています ・X線結晶構造解析で得られたタンパク質の構造を… ・氷はどこまで分割していっても氷なんですか?水… ・Fortran 90/95 の学習書のおすす… mond.how/ja/crystal_phy…
全然詳しくないが、特に膜タンパク質みたいなのは結晶構造と溶液中の構造が結構違うことがあって、それが薬理活性に結構効くと聞いたことがある。 動的なsmall molecules/proteinのinteractionがin silico予測できるようになると、かなり強そう。
AlphaFold2でも相当すごかったけど、昨日AlphaFold3が発表された様子。 protein-DNA/RNA等のmolecular interactionが予測出来る。 結晶構造解析しなくても良い時代は来るのか...。
Announcing AlphaFold 3: our state-of-the-art AI model for predicting the structure and interactions of all life’s molecules. 🧬 Here’s how we built it with @IsomorphicLabs and what it means for biology. 🧵 dpmd.ai/3URDiNo
Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination pubs.acs.org/doi/10.1021/ja… AlphaFold3の構造予測結果との比較(Fig.3e)として選ばれた、農2の西山・葛山・古園・滝川先生らの研究グループによる結晶構造論文(PDB: 7wux)
抗体の構造も予測しやすくなったということで早速試して見ましたが、相変わらず骨格はしっかりしてるのに対し、ランダム部分(結合箇所)は実験的な結晶構造と全然違いました。
AlphaFold3のNature論文の概要(1/5) ・蛋白質だけでなく、核酸や低分子との複合体の構造予測を実現(図ab) ・RoseTTAFold All-Atomよりも高い予測精度を達成(図c) ・AlphaFold2のEvofomerを簡潔なPairformerモジュールに変え、多重配列アライメント「MSA」を削減(図d) nature.com/articles/s4158…
空間群での制約付きで結晶構造を拡散生成。格子ベクトル行列をpolar分解したときの基底の6係数に対して、制約パターンを設けると、それが6分類の空間群に対応する。 pic.twitter.com/9HBKoQQ09O
原石をな、原石を買うんじゃ。その鉱物の結晶構造が発現してる母岩付きのやつをな。ルース?ルースは確かに綺麗じゃが、完成された宝石は真贋がわからぬ。ルースを買う時はロマンある綺麗なガラス片を集めるくらいの気持ちで買うんじゃ。