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石ノ森章太郎の同名漫画をアニメ化。自らの意志に反してサイボーグ化手術を施されてしまった9人のサイボーグ戦士たちの、悲哀と戦いを描いたSFアクション。本作はこの作品の劇場用第1弾となる。B・G団（ブラックゴースト団）は世界征服のため、ギルモア博士にサイボーグ戦士を作らせる。実験台となったのは社会からドロップアウトしたはみ出し者ばかり。そのうちのひとり、自動車事故を起こし瀕死の重症を負った元レーサーの島村ジョーは、加速装置などの驚異的な能力を持つサイボーグに改造され、009として生まれ変わる。だが、ギルモア博士の叛乱により、009を始めとする00ナンバーズたちは全員、B・G団の基地を脱出する。それぞれの能力を駆使してB・G団の追跡を振り切った9人は、ギルモア博士の秘密基地に身を寄せるが…。