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疎水性、正電荷、負電荷の傾向が強いタンパク質表面の一部（表面パッチ）を可視化します。表面パッチは、タンパク質の凝集やタンパク質間相互作用、溶解度などに影響します ...
2011/9/27 -様々な深さのタンパク質表面のポケットを，モルフォロジー理論(mathematical morphology)を用い，効率的に三次元グリッド上に計算することで，リガンド ...
2012/7/13 -今回は、オプシンを例として「タンパク質の立体構造を調べる」という基本的な利用方法を解説するほか、PDBファイルをダウンロードせずに内容を参照したり ...
タンパク質分子表面形状と物性のデータベースeF-site による分子機能類似性検索 ... 図1 分子表面の例. 静電ポテンシャルのタンパク質表面での値を, ＋ 0.1V 以. 上は青 ...
2012/4/19 -• タンパク質立体構造データベース. – 検索. – データのダウンロード. • 立体構造データの可視化. • 立体構造データフォーマット. • 配列データベースとの ...
2009/9/12 -※DNAやRNAなどの核酸は、リン酸基にマイナスの電荷を持っている。よって、核酸に. 結合する蛋白質は表面にプラスの電荷を持っているものが多い。 平成 ...
正負の電荷の. 総和が0で，電気泳動的にプラス側にもマイナス側に. も移動しない pH，すなわち等電点（isoelectric point ：pI）においては，タンパク質分子間の引力が.
PyMOLのプラグインでデフォルトでインストールされているAPBSを使って表面電荷を表示してくれる方法を説明します。 このプラグインは、インストーラー版を使ってPyMOL 2を ...
タンパク質表面上の疎水性領域、正電荷領域、負電荷領域を検出、可視化します。さらに各領域を2次元投影し、タンパク質間の表面特性の差異を見やすく描画します。また ...
タンパク質立体構造データに含まれる分子シミュレーションを行う上での問題点を検出し、自動的に修正します。欠損している原子座標の補完やキャッピング、ジスルフィド結合 ...