NCBIのblastpではホモロジー検索を行うと同時にその蛋白質のドメイン構造に関する情報も得ることができ、大変便利である。ここでは大腸菌のDNAポリメラーゼIの配列を例に ...
続いてアミノ酸配列同士の配列比較時の検索エンジンを設定しましょう。アミノ酸配列同士の比較では通常blastp. が用いられますが、よい弱いホモロジーを検索するために ...
Defaultの設定ではアミノ酸の場合は3文字，塩. 基配列は27文字． 一致する部分を検索. 一致したワードを両方向に伸ばし、HSP (high score segment pair)を求める。
この方法は「相同性（ホモロジー）検索」といい、対象としているタンパク質のアミノ酸配列（クエリー配列といいます）と同じあるいは類似の配列を持つタンパク質が検索でき ...
tblastnではアミノ酸配列を入力とし、核酸データベースに対して検索が可能です。この際データベース側は6フレームすべてをアミノ酸に変換し、アミノ酸 vs アミノ酸の検索が ...
... ホモロジー検索の方法としては最近もっともよく利用されている。以前はギャップを考慮しなかったためアミノ酸配列のホモロジー検索ではFASTAを使う人も多かったが ...
tblastn クエリー配列がアミノ酸で、検索対象データベースが塩基配列の時に利用するプログラムである。検索する際に、核酸データベースは一度アミノ酸配列 ...
このよ. うに、ホモロジー検索は、単に類似する配列の検索のみならず、遺伝子の進化・系統学的解析やタ. ンパク質の機能予測など様々な解析に用いられる。ここでは、 ...
2015/7/14 -NCBIが提供するHomoloGeneは、真核生物間の相同的な遺伝子を検索するツールです。種間比較や系統樹作成のために、興味のある相同遺伝子を一括で取得 ...
「NCBI BLAST P」 ・・・ タンパク質(アミノ酸配列)のホモロジー検索サイト(P:protein). 1. NCBIの『Nucleotide』、『Protein』から、アミノ酸配列または塩基配列情報を ...