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    • 情報処理演習（バイオインフォマティクス入門）

    1. https://www.cc.kochi-u.ac.jp
    2. ~tatataa
    3. info
    4. BLAST
    1. https://www.cc.kochi-u.ac.jp
    2. ~tatataa
    3. info
    4. BLAST

    2023/7/31 -... ホモロジー検索 (2) アミノ酸配列のアラインメント ... NCBI のページの使い方は こちら にあります。 注意：. 検索 ... PROTEIN で）を行い，あとは Execute Multiple ...


    Web連携テキスト バイオインフォマティクス

    1. http://park.itc.u-tokyo.ac.jp
    2. textbook
    3. chapter3

    2023/9/4 -リンク先は「相同性」です。調べたい配列(塩基配列またはアミノ酸配列)が共通の祖先に由来するかどうかを調べることです。ホモロジー検索ともよばれます。


    BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

    https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
    https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

    2023/11/28 -The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to ...


    The Human Protein Atlasを使ってヒトのタンパク質発現情報を調べる ...

    1. https://togotv.dbcls.jp
    2. ...
    1. https://togotv.dbcls.jp
    2. ...

    2023/9/22 -今回は抗体のキーワードとなる遺伝子名や交差性、免疫動物、実験用途、会社名などの複数の分類項目を組み合わせた検索（ファセット検索）や製品情報比較の方法について紹介 ...


    関連情報 PDBの使い方 > 様々な条件でPDBファイルを検索する

    1. https://www.altif-labs.com
    2. site
    3. how-to-pdb6
    1. https://www.altif-labs.com
    2. site
    3. how-to-pdb6

    2023/5/22 -アミノ酸配列のモチーフや、リガンドの有無、酵素の種類や化学修飾の種類等、条件を選択して検索することができます。 また、検索条件を追加して、複数の条件に合致 ...


    ③配列を比較したいとき - 遺伝子配列の検索や比較に役立つwebツール ...

    1. https://guides.lib.kyushu-u.ac.jp
    2. alignment

    2023/10/18 -取得した塩基配列(もしくはアミノ酸配列)と相同性のある配列（似た配列）を検索したいときによく使用されるのが、BLAST(Basic Local Alignment Sarch Tool)です。


    シークエンスアラインメント - ベクタービルダー

    1. https://www.vectorbuilder.jp
    2. tool
    3. sequence-alignment
    1. https://www.vectorbuilder.jp
    2. tool
    3. sequence-alignment

    2023/7/29 -... 方法です。ベクタービルダーのシークエンスアラインメントツールは2つのシークエンスをDNAまたはタンパク質レベルで比較するだけでなく、翻訳ベースで2つの ...


    関連情報 PDBの使い方 > キーワードでPDBファイルを検索する

    1. https://www.altif-labs.com
    2. site
    3. how-to-pdb2
    1. https://www.altif-labs.com
    2. site
    3. how-to-pdb2

    2023/5/25 -Protein Data Bank (PDB)では、テキストによるキーワード検索や著者による検索ができます。 ここでは、65件のデータが検索されました。 Query Refinementsでは、生物種 ...


    タンパク質の言語モデル - J-Stage

    1. https://www.jstage.jst.go.jp
    2. article
    3. jsbibr
    4. _html
    5. -char

    2023/6/3 -本稿では、最近のpLMsで中心的に用いられるTransformerの内部機構や学習方法 ... バーの色は検索クエリ（protein “machine learning ... また、相同性検索結果の信頼性を評価 ...


    第1章 ゲノム情報解析(基礎編)

    1. https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp
    2. textbook
    3. chapter1

    2023/5/24 -タンパク質間相互作用(protein-protein interaction; PPI) ... ②相同性に基づく方法(homology-based method); ③ ... ホモロジー検索ともよばれます。 フィーチャ(feature)