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    • NCBI GEO の使い方5 〜GEO2Rを使ってマイクロアレイデータを解析 ...

    1. https://togotv.dbcls.jp
    2. ...
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    2018/4/5 -GEOに登録されているデータから、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示 ...


    NCBI GEO の使い方2 〜遺伝子プロファイルの検索・処理済み ...

    1. https://togotv.dbcls.jp
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    2018/5/1 -今回はGEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現を詳細に調べる方法 ...


    遺伝子発現解析と可視化のためのウェブサーバー GEOexplorer

    1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
    2. entry
    3. 2022/06/05
    1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
    2. entry
    3. 2022/06/05

    2022/6/5 -ウェブサーバーでは、GEOからのデータセット検索や取得のほか、ユーザーが作成したデータのアップロード、2つのデータセットの結合と調和による共同解析が ...

    NCBI <b>GEO</b>の使い方3 データセットブラウザの使い方1 - YouTubeの画像

    NCBI GEOの使い方3 データセットブラウザの使い方1 - YouTube

    1. https://www.youtube.com
    2. watch

    ... GEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子 ... 2～遺伝子プロファイルの ...

    YouTube-TogoTV


    【GEOparseの使い方】GEOのデータをpythonで解析する

    1. https://bioinfosite.com
    2. python
    1. https://bioinfosite.com
    2. python

    2024/3/25 -今回は、GSE221791のデータを使います。 GSEはGene Set Experimentの略で、複数の遺伝子発現データセットをまとめたセットを表します。 GSE221791 ...


    GEO（Gene Expression Omnibus）へのデータ登録とその利用

    1. https://www.3d-gene.com
    2. about
    3. article
    4. art_008
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    2. about
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    4. art_008

    GEO2Rは、ユーザーが GEO シリーズ内の 2つ以上のサンプルグループ（群）を比較して、群間で発現差がある遺伝子を特定できるWebツールです。ブラウザを使用して探索した ...

    GEOの概要-GEOへのデータ登録について...


    （ヒトとマウス）仮説生成のためにクエリに最も類似した遺伝子発現 ...

    1. https://kazumaxneo.hatenablog.com
    2. entry
    3. 2024/04/21
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    3. 2024/04/21

    2024/4/21 -主要な3つの検索機能がある。 23,395のGEO研究からのシグネチャーを計算することによって、クエリに一致する最も類似した遺伝子セットを見つける。


    RNAseqChef manual

    1. https://kan-e.github.io
    2. RNAseqChef_manual_japanese
    1. https://kan-e.github.io
    2. RNAseqChef_manual_japanese

    複数の遺伝子リストの共通部分を抽出します。 カウントデータと組み合わせることで、共通部分のカウントデータの抽出・ヒートマップの作成ができます。


    もう NCBI GEO の多くの FASTQ を処理しなくてもいいかもしれない ...

    1. https://zenn.dev
    2. articles
    3. ncbi-gen-counts
    1. https://zenn.dev
    2. articles
    3. ncbi-gen-counts

    2023/12/18 -サンプルの遺伝子発現量を得るには、通常、2 つの方法があります。 データ登録者が計算したカウントデータを使う; Sequence Read Archive (SRA) の生の ...


    AJACS御茶ノ水 遺伝子発現DB・ウェブツールの使い方 応用・実践編

    1. https://github.com
    2. blob
    3. master
    4. yoki
    5. README
    1. https://github.com
    2. blob
    3. master
    4. yoki
    5. README

    GEOに登録されているデータセットの中から、それぞれのサンプルデータを比較したいグループに分け、統計解析することによって発現量に差がある遺伝子群のリストを取得でき ...