ウェブ

1. BioMart を用いて Affymetrix と Agilent のマイクロアレイのプローブ ...
   2011/2/24 -BioMart を用いて Affymetrix と Agilent のマイクロアレイのプローブ ID 対応表を 作成する 2011. Biomartは、the Ontario Institute forCancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発している ...
   togotv.dbcls.jp/20110224.html
2. Biomartを使い倒すマイクロアレイprobeIDの対応表を作る | TogoTV
   2009/2/25 -... する手順を紹介しています。その過程で結果に含めるカラム（列）を推敲する のがこのBiomartでは容易にできることも紹介しています。作成した表は AffymetrixとAgilentのマイクロアレイのプローブIDの対応表となります。
   togotv.dbcls.jp/20090225.html
3. (Rで)マイクロアレイデータ解析 - アグリバイオインフォマティクス
   その他のプローブ配列関連パッケージのインストールについてはイントロ | プローブ配列情報取得 | Rのパッケージからが参考になるでしょう。 hoge3.txtと 同じものができていると思います。 source("http://www.bioconductor.org/biocLite.
   www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html
4. biomaRt | R から BioMart を利用する方法 - bioinformatics - biopapyrus
   2017/4/15 -listMarts で調べた結果の 1 列目がデータベースの名前であり、 biomaRt の useMart 関数でデータベースを指定する際に利用する。 head(listMarts()) ## biomart version ## 1 ensembl ENSEMBL GENES 79 (SANGER UK) ## 2 ...
   bi.biopapyrus.jp/rnaseq/annotation/r-biomart.html
5. 遺伝子 ID 変換 | 複数のデータベースを利用してデータ解析を行う ...
   2020/4/18 -ID 変換は、BioMart、DAVID や UniProt などのソフトウェア（データベース）を 利用して行うほか、研究機関が作成・公開した ID 対応表（GENCODE など）を 利用して行う方法などがある。ソフトウェアなどの場合は、基本 ...
   bi.biopapyrus.jp/db/gene-id-conversion.html
6. BioTechnicalフォーラム [大量のgene symolを一般名に変換する ...
   2014/11/13 -biomartとか、そのあたりからGene symbolとGene nameのリストを出してきて 、自分のSequenceデータをRやPerlやらそのあたりのソフトでMarge ... 遺伝子名 からマイクロアレーのプローブのIDまで変換してくれるので。
   www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?...
7. Functional enrichment analysisとID変換を行う g:Profiler - macで ...
   2019/9/7 -Gene OntologyのIDの他、遺伝子名、領域指定、dbSNPのIDも使える。 ... 識別子 の自動変換と詳細の表示さまざまな遺伝子、タンパク質、マイクロアレイ プローブ、および他の多くを変換できる。Ensembl Biomartを使う。
   kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/09/07/073000
8. Bioconductor Softwareパッケージ一覧 | トライフィールズ
   2019/7/24 -プローブレベルモデルの近似方法. 125. methylumi. Handle Illumina methylation data. Illuminaのメチル化データを処理する. 126. MultiAssayExperiment. Software for the integration of multi-omics experiments in Bioconductor
   www.trifields.jp/bioconductor-packages-software-3484
9. Introduction to Bioconductor Annotation Resources - gists · GitHub
   There are various annotation packages provided by the Bioconductor project that can be used to incorporate ... If it's a ChipDb, the central key are the manufacturer's probe IDs : それがChipDbの場合、セントラルキーは製造元の プローブIDです.
   gist.github.com/.../c5b0c28696146302d93b0562f999b...