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アトムは、お茶の水博士のもとで、人間と同じように学び、、ハーレー、プルートゥ、青騎士ら、さまざまなロボットや、人間達との出会いを通じて成長していく。そして卓越した能力を駆使して、さまざまな犯罪を解決し、人々を救い、やがてヒーローになっていく。しかし、アトムは天才科学者天馬が作った、人間の記憶を持つロボットアトラスとの戦いの最中、自分の出生の秘密を知ることになる。アトムは実は、亡くなった息子トビオの代わりにと、天馬博士が作り出したロボットだったのだ。よみがえる記憶の中で、自分が父親と言うべき天馬博士に捨てられたことを知る。その事実は、アトムの心に深い悲しみをもたらす。天馬博士は、一度は捨てたアトムに歪んだ愛情を注ぎ、アトムの能力を引き出すことを目的に、次々と強力なロボットを送りだし、対決させるのだった。人間とロボットの対立・・・。さまざまな思惑の渦巻く中で、アトムの望みはただ一つ、ロボットと人間が友達でいられる世界を創ることだった。