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松本零士原作のSFアニメ「銀河鉄道999」が前作の劇場公開から17年の時を経て、映画で登場。機械帝国との戦いから1年が過ぎようとしていたころ、鉄郎は地球の新たなる支配者“ボルカザンダ3世”に危険分子と見なされ、処刑されようとしていた。そんな彼の窮地を救うため、銀河鉄道999でメーテルが駆けつける。久しぶりの再会に喜ぶふたり。鉄郎はメーテルより“戦士の銃”を受け取り、再び999号に乗って、新たなる宇宙の旅へ出かける。

『銀河鉄道999 ANOTHER STORY アルティメットジャーニー』（ぎんがてつどうスリーナイン アナザー ストーリー アルティメットジャーニー）は、島崎譲による日本の漫画。『チャンピオンRED』（秋田書店）にて、2018年5月号から連載中。本項では、関連性の深い和智正喜の小説『GALAXY EXPRESS999 ULTIMATE JOURNEY』についても解説する。 「松本零士 生誕80年記念企画」として連載が開始され、後述する『GALAXY EXPRESS999 ULTIMATE JOURNEY』と同じく、『銀河鉄道999』エターナル編の漫画版および、『銀河鉄道999 エターナル・ファンタジー』の完結編として松本零士が用意したプロットを基にしている。共作のきっかけは島崎が松本のファンでブログにファンアートを載せていたのが目にとまったからとされる。タイトルに「ANOTHER STORY」が付いているのは松本の描くエターナル編の分家的な位置付けのため。 内容的には『さよなら銀河鉄道999 アンドロメダ終着駅』に続く鉄郎の3度目の旅を描くもので、世界観や鉄郎の年齢・身なりも劇場版旧2作品を踏襲しているが、劇場版は鉄郎の成長物語に重点が置かれていたのが、今作はメーテルの心の葛藤に重点が置かれているという違いもある。また原作エターナル編を含む様々な松本作品のキャラクターが多数登場し、ある種の「スターシステム」とも言える作品になっている。 2022年9月号掲載分の第47話を最後に休載状態になっている。