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blast best hit 抜き出す で検索した結果 1~10件目 / 約6,960件 - 0.26秒

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  1. Reciprocal Blast best hitの抽出
    Reciprocal Best Hitなので、調べたい種Sの配列データと良くアノテーションされている 参照種Aの双方向のBLAST検索を行い、相互に最上位に来る組を選択すればよい。 実習には、Windowsがインストールされたノートパソコンを用いるという設備環境に対応 し ...
    koke.asrc.kanazawa-u.ac.jp/.../ReciprocalBLASTBestHit.html
  2. BLASTでトップヒットだけを抽出する - kuroの覚え書き
    その上でcutで先頭の2カラムを抽出すればいけるよね。 ワンライナーなら $ blastn - query test.fasta -db mydb -outfmt 7 | awk '/hits found/{getline;print}' ...
    k-kuro.hatenadiary.jp/entry/20180329/p3
  3. コマンドラインで遺伝 配列を解析する - MotDB - DBCLS
    Local BLAST. Windows; MacOSX. データ後処理. 数える; ベストヒットだけを抽出; おまけ:改行コード問題. 改行コード問題とは? その対処法 ... ヒットのあったDB中の エントリが記載されている2カラム目を抜き出し(cut -f2)、. ソートして(sort) ...
    motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono
  4. blast+ 使い方 best hitの算出 awkとoutfmt7 – バイオインフォ 道場 ...
    blastはよく使うツールの1つです。色んな機能があるし、オプションもたくさんあるので 使いこなすのが大変です。よく苦労するのが「best hitを1個だけ取り出す ...
    bioinfo-dojo.net/2016/03/25/blast_besthit_outfmt7/
  5. NCBIで全データを一度にblast解析し、得られたリストをEntrez Directで ...
    後半では、全blast結果をテキストでダウンロードし、それからbest hitのIDを取り出し 生物名を得る流れをまとめている。ダウンロードされたファイルにはヒットした生物の Entrez_IDしか書かれていないので、生物名を得るためにUNIXのコマンド ...
    kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/08/10/181041
  6. 次世代シーケンサーデータ解析講習会 および情報交換会 - アグリバイオ ...
    BLAST reciprocal best hit の抽出(金沢大学 西山智明). 3. R を用いた各種データ 解析(東京大学 門田幸二) multi-fasta 形式ファイルからの情報抽出、比較トランス クリプトームの際のデータの正規化、MA-plot. の描画などを行います。
    www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20111221.pdf
  7. nibb-gitc / gitc2018-blast - GitHub
    prep. outfmt = 7 を6に変換しておく。 grep -v "^#" MEGCR_proteins400.pep.fasta.vs .nr.blast.fmt7.2017.txt \ > MEGCR_proteins400.pep.fasta.vs.nr.blast.fmt6.2017.txt. 各queryベストヒットのみを抽出する。(rubyスクリプト extract_bestHSP_blastfmt6.rb ...
    github.com/nibb-gitc/gitc2018-blast/wiki/case_study-1
  8. retrieving best hit in local blast output - Biostars
    Well basically, since the blast output is already sorted based on score and evalue , filtering in the way you have in mind would be LARGELY similar to using "- max_target_seqs 1" BUT not identical. The reason is that with the local alignment  ...
    www.biostars.org/p/246288/
  9. how to output only one best-hit result using standalone blast ...
    Hello I am running standalone blast now to blastp a protein data set against a genome data. Although I have set the best-hits filtering algorithm, namely, using - best_hit_overhang, and the value I set was 0.25 (0.1~0/25 was ...
    seqanswers.com > ... > Bioinformatics
  10. BLAST検索でヒットしたエントリ群のMulti FASTAファイルを取得する ...
    ここでは、BLAST検索の結果から配列を集めていますが、NCBIのサイトではBLASTの 結果でなくても ...
    www.youtube.com/watch?v=4P5OP2KMMLM
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