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検索結果
An online workshop of the IIHG Bioinformatics Division presented by Jason Ratcliff, MS. Topics covered include Bioconductor and NCBI GEO, ...
YouTube-Iowa Institute of Human Genetics
2021/09/15動画の見どころ1/10枚目 Pre-requisites
動画の見どころ2/10枚目 Bioconductor landing pages
動画の見どころ3/10枚目 Series records
動画の見どころ4/10枚目 Setting a download path
動画の見どころ5/10枚目 Understanding a bioconductor object
動画の見どころ6/10枚目 Creating a summarized experiment object
動画の見どころ7/10枚目 What is column metadata?
動画の見どころ8/10枚目 Bioconductor classes
動画の見どころ9/10枚目 Accessing metadata
動画の見どころ10/10枚目 Getting more information about the assay matrix
A step by step guide for bioinformaticians. The tutorial includes - Raw Data Download from GEO NCBI - Data import into R 4.0.4 ...
YouTube-Farhan Haq
2021/02/23動画の見どころ1/10枚目 Downloading the data
動画の見どころ2/10枚目 Getting started
動画の見どころ3/10枚目 Installation of packages
動画の見どころ4/10枚目 Loading libraries in R
動画の見どころ5/10枚目 Setting working directory
動画の見どころ6/10枚目 Copy and normalize data
動画の見どころ7/10枚目 Write normalized expression values into a text file
動画の見どころ8/10枚目 Annotation of probes
動画の見どころ9/10枚目 Combining all data into one file
動画の見どころ10/10枚目 Conclusion
Rstudio #RMA #Annotation For Bioinformatics and NGS Analysis services please contact farhan@jgiconsulting.pk visit: ...
YouTube-Farhan Haq
2021/11/03動画の見どころ1/10枚目 Intro
動画の見どころ2/10枚目 Data set
動画の見どころ3/10枚目 Annotation file
動画の見どころ4/10枚目 Setting up working directory
動画の見どころ5/10枚目 Normalization
動画の見どころ6/10枚目 Write expression data
動画の見どころ7/10枚目 Annotating the data
動画の見どころ8/10枚目 Combine annotation and provided data
動画の見どころ9/10枚目 Combining data
動画の見どころ10/10枚目 Conclusion
This is a step-by-step tutorial to download microarray data from NCBI GEO using GEOquery package. In this video, I have demonstrated how to ...
YouTube-Bioinformagician
2022/02/23動画の見どころ1/11枚目 Intro
動画の見どころ2/11枚目 DNA Microarray
動画の見どころ3/11枚目 Affymetrix GeneChip and Terminologies
動画の見どころ4/11枚目 Workflow
動画の見どころ5/11枚目 What does the intensities on Affymetrix GeneChip Array mean?
動画の見どころ6/11枚目 Normalization methods
動画の見どころ7/11枚目 Fetching data: download .CEL files
動画の見どころ8/11枚目 Read .CEL files
動画の見どころ9/11枚目 RMA normalization
動画の見どころ10/11枚目 Retrieve normalized expression data
動画の見どころ11/11枚目 Map probe IDs to gene symbols
... R/Bioconductor ... R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析. 1.4K ... 7:00 · Go to channel · Microarray Data Analysis Tutorial (02) - The Normalization ...
YouTube-TogoTV
2010/12/15... Microarray Data BiocManager::install("limma") library(limma) # Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R BiocManager::install ...
YouTube-Wakjira Tesfahun
2023/05/17... Bioconductor package. Kellie J ... Microarray Normalization and Differential Expression using R.
YouTube-Jessica Lumian
2016/04/27... R Link to GEOquery vignette: https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GEOquery/inst/doc/GEOquery.html Understanding joins ...
YouTube-Bioinformagician
2021/12/01動画の見どころ1/9枚目 Intro
動画の見どころ2/9枚目 Requirements
動画の見どころ3/9枚目 Set up RStudio for Analysis
動画の見どころ4/9枚目 Read data in R
動画の見どころ5/9枚目 Get metadata using GEOquery package
動画の見どころ6/9枚目 dplyr: select(), rename(), mutate()
動画の見どころ7/9枚目 Reshape data: gather()
動画の見どころ8/9枚目 Join data: left_join()
動画の見どころ9/9枚目 dplyr: filter(), group_by(), summarize(), arrange()
16:44 · Go to channel · How to read and normalize microarray data in R - RMA normalization | Bioinformatics 101. Bioinformagician•22K views.
YouTube-TogoTV
2021/05/25動画の見どころ1/17枚目 AnnotationHub によるR/Bioconductorアノテーションパッケージの公開ガイドライン @ Bio”Pack”athon2021#3
動画の見どころ2/17枚目 1. AnnotationHubとは
動画の見どころ3/17枚目 2. AnnotationHubに関わるパッケージ
動画の見どころ4/17枚目 3. ExperimentHubとの違い
動画の見どころ5/17枚目 4. AHub化ガイドライン
動画の見どころ6/17枚目 5. AHub化①リモートサーバに置くデータを用意
動画の見どころ7/17枚目 6. AHub化②Core Teamに連絡して、AWS S3 Buckets へのアクセス方法を教わる
動画の見どころ8/17枚目 7. AHub化③リモートサーバにデータを置く
動画の見どころ9/17枚目 8. AHub化④メタデータを格納した空パッケージを作成
動画の見どころ10/17枚目 9. AHub化⑤Bioconductor/Contributionsで 空パッケージの審査を受ける
動画の見どころ11/17枚目 10. AHub化⑥アクセプト後もデータ更新を続ける
動画の見どころ12/17枚目 11. （実例）MeSH ORA FrameworkとCCI Framework のAHub化
動画の見どころ13/17枚目 12. 特にあいまいだった箇所「データ形式、クラスの設定」
動画の見どころ14/17枚目 13. AHub化によるメリット
動画の見どころ15/17枚目 14. AHubのいまいちなところ
動画の見どころ16/17枚目 15. Bio”Pack”athon発のAHub型パッケージ
動画の見どころ17/17枚目 16. 質問タイム
17:48. Go to channel · Stephanie Hicks - Analyzing Genomics Data in R with Bioconductor. Lander Analytics•13K views · 57:35. Go to channel · How ...
YouTube-Abhik Seal
2014/02/20Differential Expression for RNA-Seq Part 1: Using the limma Bioconductor package ... Microarray Normalization and Differential Expression using R.
YouTube-DataCamp
2020/03/15... R Install the ShortRead library: https://bioconductor.org/packages/release/bioc ... Microarray data normalization and annotation - R tutorial.
YouTube-Nextbest
2021/02/24動画の見どころ1/10枚目 Intro
動画の見どころ2/10枚目 Setup
動画の見どころ3/10枚目 Read a fastq file
動画の見どころ4/10枚目 Read fastq with read_fastq()
動画の見どころ5/10枚目 Extract read lengths
動画の見どころ6/10枚目 Summary of read length histogram
動画の見どころ7/10枚目 Graph the quality scores
動画の見どころ8/10枚目 Calculating the average quality score
動画の見どころ9/10枚目 Calculate average quality score for each read
動画の見どころ10/10枚目 Summary
344K views · 12:10. Go to channel · R Bioinformatics Reading fastq with Bioconductor. Nextbest•12K views · 29:31. Go to channel · What is ...
YouTube-Bioconductor
2015/02/09How to read and normalize microarray data in R - RMA normalization | Bioinformatics 101. Bioinformagician•24K views · 12:10. Go to channel ...
YouTube-Saniya Khullar
2022/01/27動画の見どころ1/10枚目 Intro
動画の見どころ2/10枚目 Downloading Bioconductor
動画の見どころ3/10枚目 Install BioMart
動画の見どころ4/10枚目 Update Bioconductor packages
動画の見どころ5/10枚目 Summary
動画の見どころ6/10枚目 Downloading packages
動画の見どころ7/10枚目 List packages to download
動画の見どころ8/10枚目 Installing packages
動画の見どころ9/10枚目 List packages to install
動画の見どころ10/10枚目 Conclusion
... Bioconductor package. During the workshop, we will provide a step-by-step explanation of the qsvaR Bioconductor ... Microarray Normalization and ...
YouTube-Bioconductor
2023/09/02Microarray data normalization and annotation - R tutorial ... Differential Gene Expression Analysis in R with DESeq2 | Mr. ... What is Bioconductor?
YouTube-Farhan Haq
2020/12/02Go to channel · R-Ladies Tunis : Integrating gene expression and DNA-binding data using R/Bioconductor. R-Ladies Tunis•364 views · 25:32. Go to ...
YouTube-R-Ladies Tunis
2021/02/14... microarray, next ... Microarray data normalization and annotation - R tutorial ... What is Bioconductor? | Bioinformatics 101.
YouTube-Bioinforphile
2023/01/31Bioconductor #Differential #Methylation #Analysis #Genome #Bigdata #Datascience #DMR #DMP #Dataanalysis #Rstudio #Packages CHAMP is an R ...
YouTube-Farhan Haq
2021/06/25... #annotables #affymetrix #microarray #affy #ncbi #genomics #beginners #tutorial #howto #omics #research #biology #GEO #rnaseq #ngs.
YouTube-Bioinformagician
2023/01/05Intro
Sources of R packages
Multiple ways to install packages in R
Diagrammatic representation of installing R packages
Familiarizing with RStudio
Installing CRAN package using R install.packages()
Installing CRAN packages GUI
Install CRAN packages from a source file
Install package from Github
Install package from Bioconductor
Where are my packages stored?
How to remove packages?