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植物ゲノムポータルサイト・Plant GARDENの使い方 @ AJACSオンライン2
1. Plant GARDENの概要
2. Topページの構成と方針
3. Plant GARDENに格納されているコンテンツテーブル(2020年10月現在)
4-1.全植物種リスト
4-2.植物種別ページの構成とコンテンツの説明
4-3.ゲノム配列情報における変種・亜種(作物分類)の取り扱い
4-5.アセンブルされた配列情報のリストとSNP検出に用いられたSRA配列のリスト
4-6.遺伝子のキーワード検索
4-7.遺伝子の詳細ページ
4-8.遺伝子の機能からの検索(GO, KOのtermを利用した検索)
4-10.DNAマーカーの詳細ページ
4-11.形質と連関するマーカー情報の検索
4-12.形質リストページからのマーカー詳細ページ表示
4-14.BLAST検索
4-15.SNPs(Indelsを含む)の検索
5. Topページからの検索機能(生物種・ゲノム横断的な検索)
5-1.Topページ上部の検索ウィンドウを利用したキーワード検索
5-3.Topページ「他の方法でさがす」の機能を利用したBLAST検索
5-4.Plant GARDENコンテンツの検索(データ種別リストの表示)
5-5.マーカー・形質リストの表示
5-7.JBrowseの表示例(vcfファイルとgvcfファイルの比較によるSNPと近傍の遺伝子の表示)
5-8.JBrowse上のSNP表示(各SNPの精度など詳細情報の表示方法)
6.解析ツール
7.ユーザーの皆様へのお願い