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Intro
What are motifs?
What are Transcription Factors?
Structure of a gene and regulatory regions
Why is there a need for gene regulation?
Different ways to represent Motifs or Transcription Factor Binding Sites
When to perform a Transcription Factor Binding Site Analysis?
Tools available to perform motif analysis
Motif databases
Case study for demonstration using Homer
Fetch data from NCBI GEO
About Homer and notes on installation
Following Homer instructions to find motifs in genomic regions
Manipulate peak file to get it into the acceptable format
Run Homer script to find motifs
Looking at resulting files
Understanding Homer’s de novo motif finding results
Understanding Homer’s known motif (canonical) finding results
Find which peaks do a specific motif bind to?
Method 1 to find motif instances
Method 2 to find motif instances
1. はじめに
2. ChiP-Seq とは
3. ChiP-seq で得られるデータの例
4. ChiP-seq の目的
6. Peak Call
7. 1. SICER
8. 2. MACS
9. 3. F-Seq
11. Peak call の極意
12. Peak Call 法の種類
13. Peak Call 後の解析
14. HOMER
16. galaxy & sratailer
17. 本日のデータ
18. 実習環境とファイルの準備
19. 本日の実習の流れ (suimye/NGS_handson2015 · GitHub)
21. 今回のデータの取得とクオリティ check
22. bowtie2 を使ったゲノムへのマッピング
23. データの変換操作とクレンジング (クレンジング、sam から bam ファイルへの変換)
24. PCR duplicates について
26. アライメント後のデータの可視化
27. Peak Call に基づくタンパク質-DNA 結合領域の検出
28. タンパク質-DNA結合領域 (Peak) の配列解析
29. PhysBinder について
31. Ngsplot の biolinux8 での install と解析.togotv#DBCLS#bioinformatics #togotv#DBCLS#bioinformatics