動画検索
関連広告
検索結果
GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析 ... プロフィールからビジネスの秘訣まで【ゼロ高生が質問】.
YouTube-TogoTV
2021/02/11... GEOデータベースで、検索を行う (0:50) 2. 遺伝子発現量のデータから、特定の遺伝子を検索する (1:50) 3. 遺伝子発現量のデータを用いて、解析を行う ...
YouTube-TogoTV
2019/03/25https://togotv.dbcls.jp/200126.html GREIN（GEO RNA-Seq Experiments Interactive Navigator）は、GEOに登録されているRNA-Seqデータを再利用する ...
YouTube-TogoTV
2020/01/23... GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報 ... それらの中から、自分の興味のある発現データ ... データを解析する.
YouTube-TogoTV
2023/10/23動画の見どころ1/10枚目 NCBI GEO を使ってRNA-seqの生データおよびカウントデータを取得する
動画の見どころ2/10枚目 1. Homebrewのインストール
動画の見どころ3/10枚目 2. SRA Toolkitのインストール
動画の見どころ4/10枚目 3. Pigzのインストール
動画の見どころ5/10枚目 4. ディレクトリの作成
動画の見どころ6/10枚目 5. RNA-seqデータのダウンロード
動画の見どころ7/10枚目 6. 複数のRNA-seqデータのダウンロード
動画の見どころ8/10枚目 7. fastqファイルへの変換
動画の見どころ9/10枚目 8. 複数のファイルをfastqへの変換
動画の見どころ10/10枚目 9. pigzによるfastqファイルの圧縮
NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する ... データの遺伝子発現解析 ... OmicsDI を使って様々なデータベースからオミクス ...
YouTube-TogoTV
1か月前... GEOに登録されている多くのマイクロアレイデータのなかから ... NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているRNA-seqデータを解析する ... 【日本のはたらく】最新 ...
YouTube-TogoTV
2011/10/20本家はこちら http://togotv.dbcls.jp/ja/20170102.html NCBI GEO(Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します)はNCBIが提供・ ...
YouTube-TogoTV
2017/02/24... 解析できるツール GEO2R の使い方を説明します。 GEOに登録されているデータから、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の ...
YouTube-TogoTV
2018/04/13動画の見どころ1/7枚目 1. GEO のトップページから口腔粘膜のトランスクリプトームを測定したデータセットを探す
動画の見どころ2/7枚目 2. 各サンプルを比較したい 2 群に分ける
動画の見どころ3/7枚目 3. データのクオリティを調べる
動画の見どころ4/7枚目 4. 2 群間で異なる発現パターンを示した遺伝子を確認する
動画の見どころ5/7枚目 5. P 値の計算方法を変更する
動画の見どころ6/7枚目 6. プローブ ID から任意の遺伝子の発現を確認する
動画の見どころ7/7枚目 7. これまでの操作を R のスクリプトで表示する.togotv#DBCLS#bioinformatics #togotv#DBCLS#bioinformatics
本家はこちら http://togotv.dbcls.jp/20120128.html NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。 今回はGEOの使い方 ...
YouTube-TogoTV
2012/01/26... データを検索してその発現が特徴的な実験条件のデータを選択し、その選択したデータに関して色々な解析をデータセットブラウザで行います。データ ...
YouTube-TogoTV
2009/03/06... 情報のデータベースです。GEOには、主にRNA ... NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する.
YouTube-TogoTV
2023/08/17... データのなかから興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介します。 1. NCBI GEO ...
YouTube-TogoTV
2018/05/09本家はこちら http://togotv.dbcls.jp/20110711.html NCBI GEO（Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します）はNCBIが提供・ ...
YouTube-TogoTV
2011/07/11... 情報のデータベースです。 今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)からダウンロードできるファイル ... データを解析する.
YouTube-TogoTV
2012/02/26... データとして、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ（GSE1657:Adipocyte Differentiation [Homo sapiens]）を用いて、ヒトの脂肪細胞の分化 ...
YouTube-TogoTV
2009/09/24GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データ ...
YouTube-TogoTV
2008/12/18... データ (fastqファイル) を解析し、解析済みデータ ... データを再解析することができます。DEE2では SRA やGEO ... どっちも使っていた身からすると・・・.
YouTube-TogoTV
2022/09/08... から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する06:24 6. 解析 ... Using NCBI GEO to obtain ... ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する @ AJACSオンライン14.
YouTube-TogoTV
1か月前動画の見どころ1/9枚目 NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているRNA-seqデータを解析する
動画の見どころ2/9枚目 1. GEO2Rについて
動画の見どころ3/9枚目 2. GEO2Rの使い方について
動画の見どころ4/9枚目 3. 解析結果の表から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する
動画の見どころ5/9枚目 4. カラムの追加および解析結果のダウンロード方法について
動画の見どころ6/9枚目 5. 解析結果の図表から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する
動画の見どころ7/9枚目 6. 解析手法の詳細な設定変更について
動画の見どころ8/9枚目 7. Profile graphを利用して特定の遺伝子発現プロファイルを確認する
動画の見どころ9/9枚目 8. 解析で利用したR scriptを確認する
... データからChIP-seqやATAC-seqの解析で得られた遺伝子セットを抽出・解析するマルチオミクスな解析も可能です。解析結果は画像、テーブル ...
YouTube-TogoTV
2024/02/25動画の見どころ1/8枚目 RNAseqChef を使って公共データベース上のRNA-seqデータに対して2群間の比較解析を行う
動画の見どころ2/8枚目 1. RNAseqChefの概要
動画の見どころ3/8枚目 2. 公共データベースGREINからのデータの取得
動画の見どころ4/8枚目 3. Pair-wise DEG: インプットデータ・セッティングパネルの設定
動画の見どころ5/8枚目 4. Pair-wise DEG: Result overview の説明
動画の見どころ6/8枚目 5. Pair-wise DEG: GOI (Genes of interest) profiling の説明
動画の見どころ7/8枚目 6. Pair-wise DEG: Enrichment analysis の説明
動画の見どころ8/8枚目 7. 解析結果とレポートの一括ダウンロード
... 解析（DEG解析）に不可欠なツールである。原著論文で使用されたRNA-seqのデータセットは誰でも再利用できるようにGene Expression Omnibus（GEO）に ...
YouTube-TogoTV
2023/12/12動画の見どころ1/14枚目 RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール
動画の見どころ2/14枚目 2. RNA-seq解析の概要
動画の見どころ3/14枚目 3. RNAseqChef の紹介
動画の見どころ4/14枚目 4. 解析例1: 二群間の比較解析(Pair-wise DEG)
動画の見どころ5/14枚目 5. Pair-wise DEG の補足
動画の見どころ6/14枚目 6. 解析例2: 複数のデータセットの統合解析(Pair-wise DEG + Venn diagram)
動画の見どころ7/14枚目 7. Venn diagramの補足
動画の見どころ8/14枚目 8. 解析例3: 時系列データの多重比較解析(Multi DEG)
動画の見どころ9/14枚目 9. 解析例4: 相関解析(Normalized count analysis)
動画の見どころ10/14枚目 10. 相関解析の補足
動画の見どころ11/14枚目 11. 解析例5: エンリッチメント解析(Enrichment viewer)
動画の見どころ12/14枚目 12. 解析例6: Public data の解析(GREINとの連携)
動画の見どころ13/14枚目 13. 補足: Public dataの解析
動画の見どころ14/14枚目 14. まとめ: RNAseqChefを使用する利点