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https://doi.org/10.7875/togotv.2021.071 #togotv#DBCLS#bioinformatics.
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... 検索を行う (0:50) 2. 遺伝子発現量のデータから、特定の遺伝子を検索する (1:50) 3. 遺伝子発現量のデータを用いて、解析を行う (2:19) 4. サンプル ...
1. GEOデータベースで、検索を行う
2. 遺伝子発現量のデータから、特定の遺伝子を検索する
3. 遺伝子発現量のデータを用いて、解析を行う
4. サンプル内容とIDの対応を調べる
5. 解析したデータをダウンロードする
6. 染色体の位置毎の遺伝子発現量を調べる
7. サンプルデータを使って、遺伝子発現量解析を行う
8. サンプルの情報の詳細を調べる
9. サンプル間で有意な発現差がある遺伝子を調べる.togotv#DBCLS#bioinformatics #togotv#DBCLS#bioinformatics
... 発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。 今回は、まず ...
... 発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。 今回は、目的 ...
1. 検索〜全データダウンロード
2. 1サンプルのデータダウンロード
3. 登録実験数が極端に多い場合.togotv#DBCLS#bioinformatics #togotv#DBCLS#bioinformatics
http://togotv.dbcls.jp/20180501.html NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
1. NCBI GEO のトップページを検索する
2. 興味のある遺伝子を検索する
3. データセットの説明とグラフの見方
4. 目的遺伝子の発現量の比較する
5. 実験データの信頼度を確認する
5. 前処理済みのデータを取得する
5. ダウンロードしたデータの見方.togotv#DBCLS#bioinformatics #togotv#DBCLS#bioinformatics
https://doi.org/10.7875/togotv.2024.025 NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているRNA-seqデータを解析する
1. GEO2Rについて
2. GEO2Rの使い方について
3. 解析結果の表から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する
4. カラムの追加および解析結果のダウンロード方法について
5. 解析結果の図表から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する
6. 解析手法の詳細な設定変更について
7. Profile graphを利用して特定の遺伝子発現プロファイルを確認する
8. 解析で利用したR scriptを確認する
... 遺伝子発現プロファイルのデータベースです。 さらに、検索した遺伝子に対して、種々の外部のデータベースに横断検索した結果を表示することができ ...
https://doi.org/10.7875/togotv.2020.089 本日の統合TVは、2020年11月11日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン3から、ライフ ...
遺伝子発現データ解析 (RefEx、ChIP-Atlas、DAVID、metascape、GEO2Rなど) @ AJACSオンライン3
1. 個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる〜RefEx
2. 数十~数千の遺伝子群の生物学的解釈〜ChIP-Atlas・DAVID・metascape・Enrichr
3. 公共データベース上にある遺伝子発現データを解析する〜GEO・GEO2R・GREIN・iDEP・BioJupies
4. 研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールを知る〜統合TV