未プレイなのでどれ程クラフトかわかりませんが、無人島物語が1994年。あと、他の方も上げていますが、クラフトか微妙ですがメガテンが1987年。

ＰＳのパネキットでしょうか　このゲームパーツごとの物理部品機能の必要性　操作のカスタマイズと機体の説明文の自由度において未だ同じことができる後続があまり無い作品だと思ってる つまりパネキットのシステムのまま制約取り払った物が求められてると思ってます

ピンボールコンストラクションセット ロードランナー　などから パネキットあたりが思い浮かぶところです。

ステージエディットではなく、システム上で定められた素材を集めて別アイテムに変換する要素でもなく、部品単位で与えられたものをプレイヤーが組み立てて何かに見立てるものとするとPSのパネキットが源流になると思います

メガテンの悪魔合体はクラフトですか？

シムシティとか。 少し毛色は違いますが、古くだと写真を撮って、備え付けの素材をいれる、ポケットカメラ。あとは2001年に発売されたどうぶつの森+で服のデザインをドット絵で作れるのがあったり２次元的なクラフトがここら辺にでて、… pic.twitter.com/H7lsHHkV3E

ジャンルの先駆者については だいたい年季の入ったPCゲーマーさんに伺うのが確実なんですよね… 未プレイですが「無人島物語」とかでしょうか？

ウルティマオンラインのハウジングが真っ先に思い出す(1997年) ゲーム内のアイテムを使って(それ用のアイテムでは無い) 水槽作ったり 暖炉作ったり 絵画になってたり 凄い自由だったな

スターオーシャン（96）のアイテムクリエーション？ FF5(92)の薬士はクラフト系だろうか…？

ピンボールからですね。