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1914年に伝染病研究所が内務省から文部省に移管されたこと機に、所長を辞任し、あらたな医学研究機関「北里研究所」を創設した。 1917年に慶應義塾大学医学科を創設し、初代医学科長に就任する。 1923年に医師会令の法案成立を受けて日本医師会を創設し、初代会長に就任する。

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