#カガク。#医。#生体分子。#分子。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDB 8JPN（他に8JPP公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，アゴニストのcis-エポキシコハク酸が結合したコハク酸受容体1（SUCR1）。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ 8JPNってJPNが入ってる。 pic.twitter.com/vRbpTlH7RQ

#カガク。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDBデータ244件の中から8XCM（他に8K6J・8K6K・8XCN公開）のA鎖とPDBsumデータ，FADと鉄硫黄クラスターが結合したフルクトースデヒドロゲナーゼ。京都大学の研究。JmolトピックNo.641に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/MVlsSjFKjI

#カガク。#生体分子。#聴覚。#AI。クラスC GPCR。GPR156。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。先ほどのScience Portal KoreaプレスリリースよりPDB 8IEI（cif→pdb変換）のA鎖とそのPDBsumデータ，リン脂質のligand A1LYAが結合したGPR156。緑優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/IgF8rWDUh5

#カガク。#生体分子。#分子。#AI。AlphaFold2！。GPCR。5-HT2AR。鍵と鍵穴。グラデーション。話題のScience論文関連情報をAlphaFold構造ページにも追記。 ecosci.jp/AF/#AF2_240516 pic.twitter.com/BZE5LXAFNZ

#カガク。#生体分子。#分子。#AI。AlphaFold2！。GPCR。5-HT2AR。鍵と鍵穴。グラデーション。話題のScience論文（未公開PDBデータ8V6U・8UWL，他に7RAN・7WC7・6A93・6A94引用）関連情報をGPCR関連ニュースにまとめる。 ecosci.jp/GPCR/news.html… pic.twitter.com/UGqZ5W6ndW

#カガク。#医。#感染。#分子。#医薬。#生体分子。ニュース多数の溶連菌・人食いバクテリア関連研究。治療薬候補のMn007（Mannan-007）と参考PDBデータ2XH3（DNase）のA鎖。JmolトピックNo.1229 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/jOj1Uicus6

#カガク。#生命誕生。#分子。#生体分子。#宇宙。#地球。#新刊。“元素・分子が登場する本を読もう！” 講談社ブルーバックス「生命と非生命のあいだ　地球で「奇跡」は起きたのか」掲載分子等の紹介開始。JmolトピックNo.1228 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/dSSRmraRL1

#カガク。#医薬。#分子。#生体分子。#新刊。“元素・分子が登場する本を読もう！” 化学同人「奇跡の薬16の物語」のChem-Station記事が出ました!! 化合物作業中のJmolトピックNo.1244に追記し，少し分子も追加。p.8には“「オクタノール／水」分配係数”（緑枠）も出ています。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/NbMVKApdwP

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。既報PDBデータのCell Research誌の論文が一昨日出ました。画像はPDB 8XOF（他に8XOG・8XOH・8XOI・8XOJ公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，阻害剤Lys01が結合したGPR30。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/YWMBxWg1lz

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。昨日公開のPDB 9B8Z（他に9B8W・9B8X・9B8Y・9B90・9B91・9B92・9B93・9B94公開）のPDBsumデータ，デカバナジン酸（decavanadate）が結合したTRPM4チャネル。JmolトピックNo.779に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/mHSKaen7iy

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDB 8WGU（他に8WGS・8WGT公開）のA鎖とそのPDBsumデータ，compound 20が結合したトランスサイレチン。緑・ピンク拮抗。JmolトピックNo.819に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/VeUzPS9gPe

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDBデータ354件の中から8FYE（他に8FY8・8FYL・8FYT・8FYX公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，4-F,5-MeO-PyrTが結合したセロトニン受容体5-HT1AR。緑優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/Yv8aVmKEGq

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"にチャレンジ2件目のタンパク質＋DNAの計算例，AlphaFold3の使い方（PDB 1GT0を例に）や参考ページをecosci.jpに載せました。 ecosci.jp/pdb/iPS_1gt0.h… pic.twitter.com/aiTyfaE0zN

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"にチャレンジ2件目，タンパク質＋DNAの計算結果画像修正。データ入力時にミスがあったか不要データあったので削除してスッキリ。明日分子構造参照可能にします。 pic.twitter.com/ailXGKpeXf

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"にチャレンジ2件目，タンパク質＋DNAです。3Dプリンタ模型作成済みのPDB 1GT0で。1枚目画像上段は配列入力画面，下段は計算結果です。画像2枚目はPDB 1GT0の既報例。 pic.twitter.com/C4RnBiB22R

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"初試用データをWebページにアップ。PDB 3HCDのA鎖とAlphaFold 3構造（構造参照可能に）とのPyMOLによる重ね合わせ。リガンド含む構造取得可能のAlphaFill構造（昨年3Dプリンタ模型作製）との比較を画像で。 ecosci.jp/AF/#P11086 pic.twitter.com/9ZOPxrdmzf

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"初試用続き。PDB 3HCDのA鎖とAlphaFold 3構造とのPyMOLによる重ね合わせ。 今日はこれからアメフト観戦ほかで以後は明日。DNA入りにもチャレンジ。 pic.twitter.com/4dBPf17Ufq

#カガク。#生体分子。#AI。昨日のAlphaFold3/"AlphaFold 3"初格闘に対して御礼メールが届きました。スペースなしですね。GoogleDeepMind。昨日の成果画像と一緒に。 pic.twitter.com/72oHpN1aa9

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"初試用。AlphaFill構造で3Dプリンタ模型作成済みのPDB 3HCDのA鎖で。AlphaFold 3で得られるcifデータは結合情報がないのでPyMOLでPDBデータに変換。明日はPDB 3HCD構造との重ね合わせにトライ。 AlphaFold Server： alphafoldserver.com/about pic.twitter.com/qVe30T3PBP

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。#新刊。“元素・分子が登場する本を読もう！” 「奇跡の薬16の物語」掲載分子追加開始。3段3頁の索引順に，前途洋々で緒についたばかり。JmolトピックNo.1224 ecosci.jp/chem13/topics2… 分子画像はアンピシリン（ampicillin）。 pic.twitter.com/7y18Qs44wa

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。新型コロナ5類移行1年。“後遺症／long COVID”関連，最近の情報。 ecosci.jp/COVID-19/#lc pic.twitter.com/XKaTFhUzMY

#カガク。#医。#がん。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。Nature ハイライト「がん：マイクロサテライト不安定性がんにおけるWRN阻害剤」のPDB 8PFO（他に8PFP・8PFL）とそのPDBsumデータ，阻害剤HRO761が結合したWRN構造。緑優勢。JmolトピックNo.1227 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/KmqJtF4VcJ

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。#AI。話題騒然。スペースが入ったり入らなかったり。"alphafold 3" or alphafold3。 pic.twitter.com/66DyoCs9vu

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開PDB 8JVIのA鎖とそのPDBsmデータ，アンタゴニストA1が結合したTRPV4。緑・ピンク拮抗。生命創成探究センター「TRPV4イオンチャネル阻害の構造…」。JmolトピックNo.1068に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/jtOtqR7ClX

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ376件の中から8U43のA鎖とそのPDBsmデータ，PIP2-Br4が結合したTRPV1。緑・ピンク拮抗。JmolトピックNo.1068に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/chCcBl77A0

#カガク。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。5/1公開PDB 8J81とそのPDBsumデータ，ペプトイド（ペプチド類似構造分子）が結合したMDM2。緑優勢。論文未出，東京大学の研究グループによる。JmolトピックNo.880に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/YgarKyQS0K

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。テトラヒドロカンナビバリン（tetrahydrocannabivarin）が結合したTRPV3構造PDB 8V6L（他に8V6M・8V6N・8V6Oあり）のA鎖と同PDBsumデータ。緑優勢。JmolトピックNo.1068に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/ndZTxEuKQ9

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。ボルチオキセチン（vortioxetine）が結合した5-HT3受容体PDB 8AW2（他に8AXDあり，8BL8・8BLA・8BLBは未公開）とそのPDBsumデータ。5-HT3Rは非GPCR。緑優勢。JmolトピックNo.916に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/HiUAaw6Jh6

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。PDBj「今月の分子 293:CFTRと嚢胞性線維症」中のPDB 8EIQとそのPDBsumデータ，エレクサカフトール，テザカフトール，アイバカフトール，ATPが結合したCFTR。緑やや優勢。JmolトピックNo.1226 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/2pwlqn17fN

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDB 8UGY（他に8UH3公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，ミアンセリン（mianserin）が結合したセロトニン受容体（5-HT1e受容体）。緑やや優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/6NPacQc5bM

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ288件の中から8K77のA鎖とそのPDBsumデータ，ブリバラセタム（brivaracetam）が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体。緑優勢。JmolトピックNo.1225 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/xGf7zhcnKL

#カガク。#生物。#細胞。#生体分子。#分子。サイエンスZERO録画チェック。米沢時代に技官のNさんからホヤを初めて食べさせられて（以下略）。アセチルコリンとかそのα7型受容体とか。膜タンパク質図もしっかり。 pic.twitter.com/FE6jOHFaiQ

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。#新刊。鍵と鍵穴。グラデーション。化学同人「奇跡の薬16の物語」掲載医薬等をJmolトピックNo.1224に掲載開始。最初はp.2のイブプロフェン（ibuprofen）と同分子結合シクロオキシゲナーゼ-2（COX-2）PDB 4PH9のA鎖とそのPDBsumデータ。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/n3WFdGMnE1

#カガク。#生体分子。#分子。ビタミン。鍵と鍵穴。グラデーション。4/24公開PDB 8PZ8のPDBsumデータ（他に8PZ6・8PZ7・8PZ9・8PZB公開），ビタミンD3アナログが結合したビタミンD3レセプター。緑やや優勢。画像はすべて脂溶性ビタミン。Jmolビタミン ecosci.jp/chem10/vitamin… pic.twitter.com/VrKGKJaQvr

#カガク。#生体分子。話題のフラクタル構造タンパク質。Nature ハイライト「生化学：天然の酵素分子が形成するフラクタル複合体」よりクエン酸シンターゼPDB 8RJLのA・C・E・F・G・K・L・O・P鎖をJmolトピックNo.1223に。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/JKaiQN7Ptp

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。昨日公開のPDB 8HMAのE鎖とそのPDBsumデータ，テトランドリン（tetrandrine）が結合した電位依存性カルシウムチャネルCav1.2。緑優勢。JmolトピックNo.1179に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/qG2j3ZETDw

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDB 8X17（他に8X16公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，アゴニストCF102が結合したアデノシンA3受容体。本サイトでA3は初。緑・ピンク拮抗。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/psCel2bKgJ

#カガク。#生体分子。膜タンパク質。グラデーション。本日公開のPDBデータ354件の中から8SJX（他に8SJY公開）の8量体（A鎖×8），水晶体を形成するアクアポリン0。JmolトピックNo.810に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/KzxR0M9qDe

#カガク。#生物。#生体分子。#新刊。「生物の科学　遺伝」誌最新号届く。表紙中央に大きくメチル基！　nts-book.co.jp/item/detail/su… pic.twitter.com/GJkPo7TkFO

#カガク。#科学コミュニケーター。#生体分子。#分子。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ326件の中から8BXH，モメロチニブ（momelotinib）が結合したチロシンプロテインキナーゼJAK2 8BXHとPDBsumデータ。論文未出。JmolトピックNo.497に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/0r1IO4QCuH