【565日目】中国の太湖から社会生態学的、古環境、古代DNAデータを統合して数世紀にわたる社会生態系(SES)の動態を調べた研究。SESの変遷を調べたところ、1950年代から結びつきが強まったのと同時に環境が悪化。2000年以降はデカップリングの傾向が見られた。#毎日ろんぶん pnas.org/doi/pdf/10.107…

【564日目】南アフリカで健康な農村部と都市部の人々の腸内環境を調べた研究。都市部への食生活の移行は腸内微生物叢やメタボロームの大きな変化と関連。例えば都市部では腸内細菌叢の多様性が低く、胆汁酸代謝や大腸がんに関連している分類群へのシフトあり。#毎日ろんぶん nature.com/articles/s4146…

【563日目】海洋性ロゼオバクター菌に感染するファージを沿岸海域から単離した研究。比較ゲノム解析により、既知のAutographiviridaeファージと構造が類似しており、大きく3つのクレードに分かれ、8つの新規の属に属することが明らかに。世界の海洋に広く分布。#毎日ろんぶん microbiologyresearch.org/docserver/full…

【562日目】1週間の農産物品評会でブタで発生したIAVを調べた研究。H1N1とH3N2が共存していた。陽性検体はディープシーケンスして506検体の配列を決定、単一亜型感染ブタにおけるIAV遺伝的多様性は低く、iSNVの大半は10%未満の頻度で存在し、純化選択を示唆。#毎日ろんぶん journals.plos.org/plospathogens/…

【561日目】2種の細菌のpAgosを調べた研究。エフェクターヌクレアーゼ（SPARDA）とヘテロ二量体複合体を形成する。標的DNAの認識でSPARDAのヌクレアーゼが活性化、DNAとRNAが無差別を切断する。ファージ等の外部配列によりSPARDAが誘導、集団免疫に寄与。#毎日ろんぶん nature.com/articles/s4156…

【560日目】センキュウ5個体でRNA-seqを実施し、バイロームを解析した研究。アセンブリした配列から61種のウイルスの同定に成功、うち12種類は矮化した個体にしかみられず矮化への関与を示唆。ウイルス分類群ごとの豊富さを調査、Rhabdovirusが最も多かった。#毎日ろんぶん virologyj.biomedcentral.com/counter/pdf/10…

【559日目】ファージ酵素のデポリメラーゼの活性に関連する機能ドメインを調べるため、アシネトバクターバウマニの71のファージの尾部関連タンパクを調べた研究。ペクチンリアーゼ様ドメインなど4ドメインで関連がある模様。Alphafold2でも構造を解析。#毎日ろんぶん frontiersin.org/journals/micro…

【558日目】授乳期、保育期、肥育期の三段階のチベット豚の腸内バイロームを調べた研究。全ての発育段階でMicroviridaeファージが優占しており、標高の高さとの関連を示唆。授乳期では豊富なウイルス補助代謝遺伝子が存在し、DNMT1は他の期間でも高レベルに。#毎日ろんぶん mdpi.com/1999-4915/16/4…

【557日目】カワラタケをはじめとする4種の担子菌類を合計90検体集めてトランスクリプトーム解析を実施した研究。20のRNAウイルス配列を同定。円形ゲノムのambi-like virusが広く分布していた。子嚢菌類に比べ担子菌類のウイルス数と存在量は少ない可能性。#毎日ろんぶん mdpi.com/1999-4915/16/4…

【556日目】コアグラーゼ陰性ブドウ球菌に感染するファージを40個ヒト皮膚より分離し配列解析した研究。2つの新規ファージを含む6つのクラスターを同定。AlsaファージはS. hominisに感染する能力が高く他種より感染力が低かった。制限修飾系による障壁を示唆。#毎日ろんぶん nature.com/articles/s4159…

【555日目】アラスカで乱獲が行われた時期よりも前の太平洋セイウチと現存種のmtDNAのゲノム配列を解析した研究。26の古代配列は23の異なるハプロタイプに分類されたが、ネットワークや系統樹上で明確なクレードを形成せず。乱獲と絶滅の関係性を考察。#毎日ろんぶん nature.com/articles/s4159…

【554日目】複数コホートデータを使い肥満と非肥満の両者で腸内メタゲノム解析を行った研究。肥満患者では腸内細菌叢とバイロームの豊富さと多様性が有意に減少していた。抗生物質耐性遺伝子と細菌の病原性因子が肥満患者と有意に相関し、肥満への影響を示唆。#毎日ろんぶん bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.11…

【553日目】3つの廃水処理施設におけるバイロームの特徴をウイルス様粒子濃縮法と非濃縮法で調べた研究。両手法を組み合わせることで効果的に調べられ、各手法でそれぞれCressdnaviricota、Uroviricotaが多かった。多様なファージ由来のAMGが転写活性を示した。#毎日ろんぶん onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/…

【552日目】ニュージーランドオットセイの組織サンプルのゲノム解析により新規パピローマウイルス(AforPV1)を同定した研究。病変を示す個体の口腔乳頭腫に存在。系統解析により近縁の食肉目に見られるtaupapillomavirusに属することが明らかに。#毎日ろんぶん nature.com/articles/s4429…

【551日目】中国で81種2438個体の蚊でバイローム解析を実施した研究。アルボウイルス7種を含む393種のウイルスを同定。個々の蚊のウイルス組成は宿主系統関係と強く関連あり。哺乳類豊富、気温低め、降水量多い地域はウイルス多様性のホットスポットの可能性。#毎日ろんぶん nature.com/articles/s4155…

【550日目】ノルウェーの洞窟の約5600-13000年前の骨堆積物の形態学的分析と古代DNA解析を実施した研究。未発見種を含む40種の分類群からなるシーケンスデータが得られた。北極圏の海洋・陸域環境における北方化が過去の温暖化期に自然に繰返されたことを示唆。#毎日ろんぶん science.org/doi/pdf/10.112…

【549日目】中世ロンドンの馬の歯で同位体分析を実施した研究。出生地や食生、移動の歴史が明らかに。例えば少なくとも7頭はイギリス以外の比較的寒い地域の生まれを示唆。中世ロンドンのエリートが高品質の馬を確保するのには国際取引が重要だったことを裏付。#毎日ろんぶん science.org/doi/10.1126/sc…