#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"にチャレンジ2件目のタンパク質＋DNAの計算例，AlphaFold3の使い方（PDB 1GT0を例に）や参考ページをecosci.jpに載せました。 ecosci.jp/pdb/iPS_1gt0.h… pic.twitter.com/aiTyfaE0zN

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"にチャレンジ2件目，タンパク質＋DNAの計算結果画像修正。データ入力時にミスがあったか不要データあったので削除してスッキリ。明日分子構造参照可能にします。 pic.twitter.com/ailXGKpeXf

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"。ここ数日間格闘。

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"にチャレンジ2件目，タンパク質＋DNAです。3Dプリンタ模型作成済みのPDB 1GT0で。1枚目画像上段は配列入力画面，下段は計算結果です。画像2枚目はPDB 1GT0の既報例。 pic.twitter.com/C4RnBiB22R

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"初試用データをWebページにアップ。PDB 3HCDのA鎖とAlphaFold 3構造（構造参照可能に）とのPyMOLによる重ね合わせ。リガンド含む構造取得可能のAlphaFill構造（昨年3Dプリンタ模型作製）との比較を画像で。 ecosci.jp/AF/#P11086 pic.twitter.com/9ZOPxrdmzf

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"初試用続き。PDB 3HCDのA鎖とAlphaFold 3構造とのPyMOLによる重ね合わせ。 今日はこれからアメフト観戦ほかで以後は明日。DNA入りにもチャレンジ。 pic.twitter.com/4dBPf17Ufq

#カガク。#生体分子。#AI。昨日のAlphaFold3/"AlphaFold 3"初格闘に対して御礼メールが届きました。スペースなしですね。GoogleDeepMind。昨日の成果画像と一緒に。 pic.twitter.com/72oHpN1aa9

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"初試用。AlphaFill構造で3Dプリンタ模型作成済みのPDB 3HCDのA鎖で。AlphaFold 3で得られるcifデータは結合情報がないのでPyMOLでPDBデータに変換。明日はPDB 3HCD構造との重ね合わせにトライ。 AlphaFold Server： alphafoldserver.com/about pic.twitter.com/qVe30T3PBP

#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3/“AlphaFold 3”。　technologyreview.jp/s/335860/googl… “制限付きアクセス”。

#カガク。#医。#生体分子。#分子。GPCR。LSDほか。Nature“Structural pharmacology and therapeutic potential of 5-methoxytryptamines” nature.com/articles/s4158… 未公開PDBデータ8FY8・8FYT・8FYE・8FYL・8FYX。

#カガク。#宇宙。#星屑。#生命誕生。#分子。#生体分子。#新刊。読書中。

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。#新刊。“元素・分子が登場する本を読もう！” 「奇跡の薬16の物語」掲載分子追加開始。3段3頁の索引順に，前途洋々で緒についたばかり。JmolトピックNo.1224 ecosci.jp/chem13/topics2… 分子画像はアンピシリン（ampicillin）。 pic.twitter.com/7y18Qs44wa

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。新型コロナ5類移行1年。“後遺症／long COVID”関連，最近の情報。 ecosci.jp/COVID-19/#lc pic.twitter.com/XKaTFhUzMY

#カガク。#医。#がん。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。Nature ハイライト「がん：マイクロサテライト不安定性がんにおけるWRN阻害剤」のPDB 8PFO（他に8PFP・8PFL）とそのPDBsumデータ，阻害剤HRO761が結合したWRN構造。緑優勢。JmolトピックNo.1227 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/KmqJtF4VcJ

#カガク。#医。#がん。#生体分子。#分子。Nature ハイライト「がん：マイクロサテライト不安定性がんにおけるWRN阻害剤」 natureasia.com/ja-jp/nature/h… 4/24公開PDBデータ8PFP・8PFL・8PFO。

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。Nature ハイライト「分子生物学：オピオイド受容体のリガンドとコンホメーション変化の関係」 natureasia.com/ja-jp/nature/h… 既報。引用PDBデータ4DKL・6DDF。

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。Nature ハイライト「構造生物学：Ca感知受容体とGタンパク質との共役の機構」 natureasia.com/ja-jp/nature/h… 既報。4/17公開PDBデータ9ASB・9AXF・9AVL・9AYF・9AVG。

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。#AI。話題騒然。スペースが入ったり入らなかったり。"alphafold 3" or alphafold3。 pic.twitter.com/66DyoCs9vu

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開PDB 8JVIのA鎖とそのPDBsmデータ，アンタゴニストA1が結合したTRPV4。緑・ピンク拮抗。生命創成探究センター「TRPV4イオンチャネル阻害の構造…」。JmolトピックNo.1068に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/jtOtqR7ClX

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ376件の中から8U43のA鎖とそのPDBsmデータ，PIP2-Br4が結合したTRPV1。緑・ピンク拮抗。JmolトピックNo.1068に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/chCcBl77A0

#カガク。#医。#生体分子。#変異。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。long COVID。長文まとめ。　www3.nhk.or.jp/news/html/2024…

#カガク。#生体分子。話題のフラクタル構造タンパク質（既報）。Chemistry World chemistryworld.com/news/first-reg…

#カガク。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。グラデーション。5/1公開PDB 8J81とそのPDBsumデータ，ペプトイド（ペプチド類似構造分子）が結合したMDM2。緑優勢。論文未出，東京大学の研究グループによる。JmolトピックNo.880に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/YgarKyQS0K

#カガク。#医薬。#分子。#生体分子。奥が深い！

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。テトラヒドロカンナビバリン（tetrahydrocannabivarin）が結合したTRPV3構造PDB 8V6L（他に8V6M・8V6N・8V6Oあり）のA鎖と同PDBsumデータ。緑優勢。JmolトピックNo.1068に追記。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/ndZTxEuKQ9

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。ボルチオキセチン（vortioxetine）が結合した5-HT3受容体PDB 8AW2（他に8AXDあり，8BL8・8BLA・8BLBは未公開）とそのPDBsumデータ。5-HT3Rは非GPCR。緑優勢。JmolトピックNo.916に追記。 ecosci.jp/chem13/topics1… pic.twitter.com/HiUAaw6Jh6

#カガク。#生体分子。#分子。膜タンパク質。鍵と鍵穴。グラデーション。PDBj「今月の分子 293:CFTRと嚢胞性線維症」中のPDB 8EIQとそのPDBsumデータ，エレクサカフトール，テザカフトール，アイバカフトール，ATPが結合したCFTR。緑やや優勢。JmolトピックNo.1226 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/2pwlqn17fN

#カガク。#生体分子。#分子。#味覚。膜タンパク質。Nature論文邦題「構造生物学：昆虫の味覚受容体による糖の感知の分子基盤」 nature.com/articles/s4158… PDBデータ8UVU・8UVT・8VV3。

#カガク。#生体分子。#分子。Nature論文邦題「生化学：小胞のモノアミン貯蔵と薬剤相互作用についての構造面からの考察」 nature.com/articles/s4158… PDBデータ8TGJ・8TGM・8TGI・8TGL・8TGN・8TGK・8TGH・8TGG。

#カガク。#生体分子。#分子。Nature ハイライト「分子生物学：インテグレーター複合体によるPol IIの遊離と転写終結の仕組み」 natureasia.com/ja-jp/nature/h… PDBデータ8RBX・8RBZ・8RC4。

#カガク。#生物。#生体分子。#分子。Nature Volume 629 Number 8010 natureasia.com/ja-jp/nature/6… 「Cover Story: 運動の効果：持久運動によって生じる分子変化のマッピング」

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDB 8UGY（他に8UH3公開）のR鎖とそのPDBsumデータ，ミアンセリン（mianserin）が結合したセロトニン受容体（5-HT1e受容体）。緑やや優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/6NPacQc5bM

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。膜タンパク質。LigPlot+による“鍵と鍵穴”。グラデーション。本日公開のPDBデータ288件の中から8K77のA鎖とそのPDBsumデータ，ブリバラセタム（brivaracetam）が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体。緑優勢。JmolトピックNo.1225 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/xGf7zhcnKL

#カガク。#生物。#細胞。#生体分子。#分子。サイエンスZERO録画チェック。米沢時代に技官のNさんからホヤを初めて食べさせられて（以下略）。アセチルコリンとかそのα7型受容体とか。膜タンパク質図もしっかり。 pic.twitter.com/FE6jOHFaiQ

#カガク。#生体分子。#分子。#医薬。#新刊。鍵と鍵穴。グラデーション。化学同人「奇跡の薬16の物語」掲載医薬等をJmolトピックNo.1224に掲載開始。最初はp.2のイブプロフェン（ibuprofen）と同分子結合シクロオキシゲナーゼ-2（COX-2）PDB 4PH9のA鎖とそのPDBsumデータ。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/n3WFdGMnE1

#カガク。#生体分子。#分子。ビタミン。鍵と鍵穴。グラデーション。4/24公開PDB 8PZ8のPDBsumデータ（他に8PZ6・8PZ7・8PZ9・8PZB公開），ビタミンD3アナログが結合したビタミンD3レセプター。緑やや優勢。画像はすべて脂溶性ビタミン。Jmolビタミン ecosci.jp/chem10/vitamin… pic.twitter.com/VrKGKJaQvr

#カガク。#生体分子。“平均的なタンパク質の長さは数百アミノ酸程度だが、彼が見つけた遺伝子は1800個ものアミノ酸からなるタンパク質をコード”。　natureasia.com/ja-jp/ndigest/…

#カガク。#生体分子。話題のフラクタル構造タンパク質。Nature ハイライト「生化学：天然の酵素分子が形成するフラクタル複合体」よりクエン酸シンターゼPDB 8RJLのA・C・E・F・G・K・L・O・P鎖をJmolトピックNo.1223に。 ecosci.jp/chem13/topics2… pic.twitter.com/JKaiQN7Ptp

#沖縄のカガク。#生命誕生。#生物。#細胞。#生体分子。#分子。YouTube動画2件あり。