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#カガク。#生体分子。#AI。AlphaFold3（AlphaFold 3）関連情報の置き場所変更。その後も続々記事。スペースが入ったり入らなかったりするのでGoogleで両方ニュース検索できるリンクも追加。 ecosci.jp/AF/#AF3 pic.twitter.com/m0jGXEa7Xu
#カガク。#ツタエル。ecosci.jp水無月模様替え。6/29・8/3はサイエンスカフェにいがた開催。AlphaFold3/AlphaFold 3情報（置き場所変更）・ PFAS汚染問題は適宜更新。来月末でサイト開設28周年！ pic.twitter.com/ldEvOOMxG4
ニューラル ネットワーク ポテンシャルはすでにこれを可能にしています。(拡散モデルと Alphafold も、ニューラル ネットワーク ポテンシャルのより一般的な例として解釈できます) 間もなく、直接観察できるよりも小さい中間規模のプロセスを正確にシミュレートできるようになるはずです。
Neural network potentials are already enabling this. (Diffusion models and Alphafold can also be interpreted as more general examples of neural network potentials) We should soon be able to accurately simulate the intermediate scale processes smaller than we can observe directly.
「現代化学」7月号がもうすぐできあがります． 緊急特集「AlphaFold3，その正体を探る」や，金属有機構造体（MOF）の第一人者Omar M. Yaghi博士のインタビューなど読み応えたっぷりですので，ぜひお楽しみに！ 発売は6月19日．Amazonなどでご予約受付中です！ amzn.asia/d/dxaDLcE pic.twitter.com/NcVKBE5nt6
数年前のビジネス研修で一緒になった人と飲みに行きました その人が、話の流れで 実はタンパク質の構造予測したくてAlphaFold使いたいんだよね→じゃあうちに環境あるからやってみなよと新たな繋がりに 昔の繋がりが、改めて今繋がることがあるからそういうの大事だな deepmind.google/technologies/a…
【6/19発売】『現代化学』2024年7月号では、「AlphaFold3」を緊急特集します！ AlphaFoldはタンパク質の構造予測に革命をもたらしたAIで、AlphaFold3では核酸や小分子との複合体の構造予測も可能になりました。本号では8名の専門家がその実力を語ります！ ご予約受付中 tkd-pbl.com/book/b10085696…
RoseTTAFoldAll-AtomとAlphaFold3（4月19日 Science 掲載論文と5月8日 Nature オンライン掲載論文) - Lab BRAINS lab-brains.as-1.co.jp/enjoy-learn/20…
医療・バイオテクノロジーにおけるAIの現状 病理・画像診断におけるAIの利用は着実に進んでいる。臨床応用されている例としても内視鏡動画からがんを検出する補助的な手法もある。 注目なのはGoogle DeepMindが開発するAlphafold3に基づく創薬技術。この辺りは投資妙味がまだありそう。
タンパク質構造予測の新時代到来！ AlphaFold 3の驚異的な性能と可能性 #Blog #DL-freetime ct-innovation.blog/dl-freetime/ai… via @NaNPythonista1 #ブログ仲間とつながりたい #ブログ初心者さんと繋がりたい
量子計算でタンパク質構造を予測 #科学ニュース タンパク質構造予測といえばAlphaFoldが話題になったけど、これは経験則的に予測する手法なので全く新しい構造の予測は難しい。 本当は形を計算で予測したいけど、従来のコンピューターだと100アミノ酸でも宇宙の年齢くらい時間がかかる計算だった。 ↓ pic.twitter.com/lQCV4IUpNp
#カガク。#生体分子。#脳。#アルツハイマー。#AI。AlphaFold3/"AlphaFold 3"。グラデーション。東京都医学総合研究所「VCPのD395G変異で発症した空胞型タウオパチーのタウ線維は…」よりPDB 9EROのA-J鎖（他に9ERM・9ERN公開），空胞型タウオパチー。AlphaFold3構造も取得。 ecosci.jp/chem5/alzheime… pic.twitter.com/jPPPrOlGyb
やってしまった。論文に書かれてたN末C末を鵜呑みにしてコンストラクト作って発現させたら局在が予想と全く異なっていて、Uniportやalphafoldで配列と構造確認したらアミノ酸配列の向きが逆だった…最初から確認しとけ自分。作り直し。
よくみたらAlphafold3がオープンコードでないことについてNatureからも記事が出てました。 Private Sectorに頼るんじゃなくてアカデミアでも頑張れるようにしないといけないね、みたいなまとめになってますね。 nature.com/articles/d4158…
来月刊行の『現代化学』7月号 tkd-pbl.com/book/b10085696… 特集は「AlphaFold3、その正体を探る」。 注目を集めるAlphaFold3について、8名の専門家にお話をうかがいました。 そのほか、Omar M. Yaghi博士へのインタビューをはじめ充実した内容をお届けできるよう、準備を進めています☺︎
タンパク質モデリングツール、DeepMainmastはAlphafold3のモデルも内部で使えます。(元々AF2を組み込んでいた)。利用の場合AF3または2で作ったモデルをアップロードしてください。AFはマップを当然考慮しないので、マップのモデリングではDeepMainmast の方が良いです。
【AlphaFold3登場でも】AI創薬の勝負は統合力 | 医薬経済オンライン 下期の投資テーマ。本命はやはりこれだと思うのよ iyakukeizai.com/iyakukeizaitre…
AlphaFold3, a secret sauce for predicting mutational effects on protein-protein interactions biorxiv.org/content/10.110… AF3使ったベンチマーキングの仕事（はえーよ
既報AlphaFold2研究論文は話題。 Science science.org/doi/10.1126/sc… 他の5-HT2AR研究も並べて。 GPCR関連ニュース ecosci.jp/GPCR/news.html… pic.twitter.com/aWvE5gHMYF
#カガク。#生体分子。#分子。#AI。AlphaFold2。本日2件目のGPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDB 8UWL（他に8V6U公開）のA鎖とそのPDBsumデータ，リスリド（lisuride）が結合した5-HT2A受容体。ピンク優勢。Jmol GPCR ecosci.jp/GPCR/ pic.twitter.com/rEfbmK6ey7
5月頭にAlphafold3が出てきましたがDNA、RNAとの結合やら翻訳後修飾までできるとは、この分野をかじり始めた初心者でも分かるくらい凄いですね、、 と思っていたらretracition watchにコードが非公開であることや実行数の制限で検証できないことへの批判が。 retractionwatch.com/2024/05/14/nat…
返信先:@feathercraft079他5人Alphafoldはアミノ酸配列を元に立体構造を予測するAIプログラムですが、最近、バージョンが２から３にバージョンアップされ、他の分子との結合も予測できるようになりました。遊んでみたかったんじゃないでしょうか？
返信先:@koronanoukyuus1他5人ですよね。 Alphafold3ってどこまで何ができるのか知りませんが、良心的に解釈すれば、DNAだと喰ってくれないから、RNAで無理やり解析させて3D化したって事なのでしょうか？ お絵描きツールでしょうか？
返信先:@takenitta他5人Alphafold3というのが良くわかりませんが、この図はSV40プロモーターをRNAで３次元化した、という事なのでしょうか？ pic.twitter.com/TnCTZJXzJH
NVIDIAの時価凄いな、私の分野ではAlphafoldやパイソンなどの台頭でビジュアルデータを作るには必須やし、ゲームするにも絶対いるしで、10年間で250倍以上の上がり方が半端ないな
そういえば現状AlphaFold2.2を運用しているサーバがUbuntu20.04だったわ。３が出たし、一旦こいつは運用終了だな。３のソースが公開されてもこのハードウェアじゃそろそろきつそうだし。
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